英美等西方侵略势力早就垂涎中国丰富的内河航运资源和优厚的利润。鸦片战争后在侵入中国沿海水域的同时，还不断窥伺内河航运主权，并通过第二次鸦片战争获得了内河航运的条约根据。第二次鸦片战争结束不久，外国轮运势力迫不及待地将侵略触角伸进长江。至旗昌轮船公司成立前后，上海已经有不下20家洋行在经营长江航运。但是，这些代理行由于财力所限，一般只经营一艘或两艘轮船。这显然远远满足不了侵略者的胃口，要实现更优厚的利润，必须实行更大的资本集中。正是基于这种目的，以及代理行内部改制的要求，旗昌洋行募股组建了旗昌轮船公司。应当说，以金能亨为代表的西方侵略势力组建股份制轮船公司的初始目的，并不是为了将股份公司这种先进的资本组织形式介绍给中国，或者让华商股东享有充分的作为企业资产所有者的权力。恰恰相反，金能亨等人的目的仅仅是为了利用华资，以达到控制中国轮运业和对外贸易的目的。

对于这一点，金能亨毫不掩饰，他在1869年5月31日给怡和洋行上海经理F.B.约翰逊的一封信中曾直言不讳地说：“如果在中国轮船运输业中真有什么斗争的话，过去也好，将来也好，这种斗争绝不是存在于不同的外国人之间，而是存在于外国人和中国人之间。如果我们之间的竞争妨害了外商经营，那么生意必将落到中国人手中，而一旦落到他们手中，那还有什么保障和效益可言呢。”^[39]虽然旗昌轮船公司在酝酿成立时作了许多有利于华商股东的规定，但这些都仅仅是吸引华商入股的官样文章而已，旗昌洋行通过控制入股的买办华商、董事会和经理，将企业的控制权牢牢地掌握在旗昌的美商手中。

在旗昌轮船公司的100万两发起资本中，旗昌洋行只“以商行名义象征性的认购少数股票”，“旗昌洋行成员甚至未能拥有100万两股票中的三分之一”。如此之少的股份，一般而言很难控制企业，金能亨所以能够控制企业，主要通过控制追随其后的华商掌握的大多数股份，进而掌握企业的控制权。

根据1863—1864年旗昌股东大会的记录，在出席大会的华商股东中，至少有3人是旗昌洋行的买办，其余6人也多是上海的豪商巨富，根据汪敬虞先生的考证，其中不少人早已钻进买办圈子。“例如后来担任了旗昌轮船公司中买办的陈怡春（竹坪）在六十年代初就和怡和洋行发生了关系，经常做银钱投机生意。此外，他还经纪丝业，并且在上海汉口间经营大规模的货运业务。”^[40]也有的人是先做了旗昌轮船公司的股东，而后成为旗昌洋行的买办。例如陈舆昌，他是旗昌轮船公司成立时的认股人，自1865年起开始担任买办^[41]。汪敬虞先生认为，“可以肯定，旗昌的华籍股东主要就是买办和出口商人这两种人物，而且往往是一人而兼具这两种身份”^[42]。这些买办和经营进出口的商人与外商有着千丝万缕的联系，沾染了不同程度的买办性。他们为了自身的生存和更多利润的赚取，以及为了躲避封建势力的束缚，往往追随外商，在企业重大问题的决策上对外商唯命是从。这样，旗昌洋行成员通过控制入股华商就拥有了60％—70％的股份，取得了控制企业的基本条件。就如金能亨后来在回忆录中所说：“只要使股金保持原额，抓住能够予以控制的股份，在管理上差强人意，他们就可以从足够的华商追随者那里保证他们的永久地位。”^[43](www.daowen.com)

通过控制华商，旗昌洋行进而控制了董事会。根据1862—1874年上海旗昌轮船公司高级职员名单，在每年董事会的4—5名成员中，总有2—3人是旗昌洋行的合伙人，而总经理总是由旗昌洋行成员担任。

由于控制了股东大会和董事会，旗昌洋行可以利用所拥有的大权左右其他入股外商的意志，并左右华商，按照自己的意志管理企业。可以看出，旗昌洋行的美商才是旗昌轮船公司的真正主人，而拥有大多数股份的华商不过是供旗昌洋行控制企业的工具而已。