为了构建现代企业内部控制理论框架体系，必须抓住企业的本质特征。企业和市场一样，本质上都是契约，企业契约是产权所有者为降低市场交易费用而签订的一组契约。不同的是，市场契约是短期完全契约，企业契约则是长期不完全契约。即企业契约虽然降低了签约成本，但由于其相对于市场契约而言是不完全的长期契约，因此，契约结果存在较大的不确定性。所以企业将出现两个客观情况：（1）当不同类型的产权所有者作为参与人把要素使用权委托给产权经营者时，如何对委托产权进行有效控制就成了产权所有者首要考虑的内容；（2）而产权经营者为了履行产权受托责任，必然采取措施对受托产权的价值运动过程实施控制，以提高企业内部的产权交易效率。因此，只有在企业内部建立一个有效的控制机制，弥补企业契约的不完全性，保证产权价值实现过程有序进行，才能为企业的存在和发展创造条件。
（一）企业内部控制总目标
鉴于企业不完全契约的特征，内部控制实际上是为了弥补现代企业契约的不完全性而产生的一个控制系统。内部控制主要是发生在人与人之间的经济活动。按照康芒斯对交易的分类，内部控制属于交易活动中的第二类，即管理的交易。故从本质上说，内部控制属于制度经济学中的交易活动范畴。内部控制的总目标在于降低企业内部的交易费用，提高企业内部的产权交易效率，实现产权价值增值。
（二）企业内部控制具体目标的提出(https://www.daowen.com)
1.要素所有者的权益（价值）最大化目标。由于经营者在企业契约中处于中心签约人的地位，这一点决定了经营者行为对要素所有者追求在产权价值保值基础上最大化增值目标的实现有很大的影响。因而，第一层次的内部控制通常表现为要素所有者对经营者的控制，这种内部控制也就是企业治理控制。因此，企业治理控制构成了现代企业内部控制体系的有机组成部分，其控制的具体目标是在产权价值保值基础上，实现要素所有者的权益（价值）最大化，相应的控制机制主要采用激励加约束的方式。
2.产权经营的效率和效果性目标。这种内部控制亦即企业的管理控制，其控制是以有效履行产权经营受托责任，实现产权经营的效率和效果性为目标，现实中常用的控制措施有会计控制、财务控制、内部审计控制和制度控制等。
要素所有者为维护委托产权的安全性和实现产权价值在保值基础上的增值最大化而对经营者进行的控制，以及经营者为有效履行受托经营责任而对企业员工实施的控制，构成了企业内部控制体系。两者的关系是：前一层内部控制是后一层内部控制的基础，后一层内部控制则是前一层内部控制的延伸。经营者对产权价值运动的过程和结果承担受托责任，经营者对企业员工实施的控制处于内部控制体系的中心位置。
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