第一，集中化管理体制与“超级部委”的存在。与其他国家纷繁复杂的科技创新多头管理的局面相比，丹麦在20世纪90年代就开始了系统化整合，最终形成以高等教育和科学部为主导的科技创新体系。这样的好处是避免科技创新政出多门，有效地提高丹麦科技创新体系的运转效率。同时，这也带来了相应的问题，即其他部委的科技创新活动被抑制。原本各部委还承担一些领域内的科技创新活动，比如气候部门对于北极环境的研究，海洋渔业部门对于海洋的研究，但在科研机构几乎都被并入大学之后，其他部委基本上面临一无场地设备、二无资金的局面。高等教育和科学部作为“超级部委”的存在，让它在科技创新事务上与其他部委之间缺乏有效协作。另外，大学作为科技创新的主体，一般注重的是科学研究，在一定程度上让技术创新显得不足。
第二，科研管理的充分放权与绩效导向的管理方式。丹麦高等教育和科学部虽然主要负责全国科技创新事务，但是并不直接介入分配研究开发和创新活动经费的工作，而是由相关研究理事会和基金会组织协调工作，实行国际同行评议制度来评估社会研发和创新活动，以公开竞争的方式分配教育公共经费[39]。这是因为丹麦科研机构（主体是大学）的经费来源一般有两类：一类是国家预算中的拨款，由国家自动拨付给相关科研主体；另一类是竞争性的基金，由科研主体竞争获得。无论是哪一类经费来源，高等教育和科学部都不直接参与分配。在科研主体的研究主题上，高等教育和科学部也不作太多硬性规定。丹麦科技创新活动中的研究议程是一种自下而上的设定，丹麦“研究2020”和“研究2025”计划中的主题都是征集来的。各个主题所能获得的资金则是由国家年度预算决定的。这说明高等教育和科学部在科研管理上充分放权。在考核机制上，高等教育和科学部采取绩效导向的管理方式，即与大学或其他科研机构签订合约，以合约中的目标来引导大学的科研工作，并且根据是否达到这些目标来评估大学的科研业绩。(www.daowen.com)
有一些批评者指出，研究主题确定的公平性原则让丹麦的研究主体难以执行一些政治优先的研究。在原来的战略研究理事会并入商业化气息浓厚的丹麦创新基金之后，丹麦不再有任何一个机构专门用来支持战略性研究[40]。
第三，权力扩张的大学及其属性的转变。2003年的大学改革，让丹麦大学的权力进一步扩张。政府以合约制的方式对大学进行管理，对大学内部事务不做过多干预。这次改革更加明确了大学作为一个服务社会的公共机构的属性。外部力量开始介入大学董事会。大学校长由董事会任命，而不是之前的由学校内部选举产生。大学校长开始有点类似于职业经理人，而非大学内部自治的领导人物。丹麦的大学从一个相对封闭的实体逐渐变为一个不断适应外部需求的“服务提供商”。随着12所大学合并成8所大学，多家公共研究机构并入，丹麦的大学实际上已成为丹麦科技创新的“巨无霸”主体。“在合并过程中，丹麦政府一直以规模经济与降低成本为指导理念，结果是数量有限的大学集中了大量优质资源。从政治角度来看，主要的外在好处是高等教育机构数量大幅减少，从而简化了政府部门的指导和控制。”[41]2011年，丹麦对大学校长的权力进行进一步的扩权，对绩效合同进行修改，减少了一些强制性目标，增加了一些根据大学特性而设置的个性化目标。这说明在扩权的同时，丹麦政府希望大学能够承担起科技创新的重任。
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