我国有的学者认为新制度经济学的个别概念和方法值得借鉴，但理论体系不能接受。其原因有以下几方面：

（1）其效率标准——不论是帕累托效率标准，还是一致性标准——都是以承认资本主义生产关系的合理性为前提，企图掩盖资本主义社会的基本矛盾。这一学派的最终目的就是证明“看不见的手”的合理性。科斯及其追随者不去讨论资本主义社会的基本矛盾，而只是谋求对现存制度的帕累托改进或“一致性”改进。

（2）该体系存在内在矛盾。不仅其效率标准和假设条件有重要缺陷，其论证中还存在着严重的逻辑矛盾。企业理论无法回答企业为什么偏要节约“信息商品”的生产费用，不惜以增加其他商品的生产费用为代价。

（3）该学派定义的产权包括生活资料和生产资料在内的财产的法律所有权。不区别生活资料和生产资料，回避了生产关系的基础——生产资料所有制，把复杂的生产关系说成是民事纠纷，把资产阶级的“合法权利”作为产权的前提，从而把维护私有制与剥削看成天经地义。

（4）科斯把明确产权作为自由交易的前提。认为只要实行私有制，允许私有者在市场上自由交换，交易成本就会降到最低，甚至成为零。

在生产资料所有权上处于不平等地位的阶级之间，无法“自由”。资产者有凭借私有资产占有和瓜分工人剩余劳动的自由，工人只有出卖劳动力的自由。这样的交换，对资产者来说，确实成本最低，因为他在劳动力使用过程中可以取得剩余劳动，可是对劳动者来说，一部分劳动被资产者无偿占有，他们的付出始终大于收入。(www.daowen.com)

资本主义市场上的竞争具有相当的盲目性。资本的生产与交换都以最大私人利润为目标，不考虑社会后果和长远发展；激烈竞争中投机欺诈都会提高社会成本，增加交易费用。资本主义发展过程是建立在巨大浪费基础上的。私人成本低、社会成本高是资本主义生产的特点。如果把资本主义的发展和交易是建立在与第三世界国家不等价交换和对其资源掠夺与破坏的基础上，实际上建立在“产权”不平等基础上计算进去的话，其交易成本的所谓“零”更属虚妄。

（5）产权理论在维护资本主义私有制的同时，极力攻击社会主义公有制。理由之一是公有制“不具有排他性”，因而不能成为“完整的产权主体”，这是用私有制观念来观察公有制。社会主义公有制不具有排除劳动者所有的那种“排他性”，它却具有排除私人占有的排他性，因而具有全新的从生产到分配的完整的“产权主体”。

（6）这个学派滥用交易费用概念，认为企业产生的原因是内部组织费用小于市场组织所需要的交易费用，并把一切组织包括国家的产生都归结为是否能节约交易费用。他们还把企业内部、企业之间、企业与国家以及所有活动都看成交易活动。总之，交易就是一切，交易费用决定一切，交易及交易费用的节约成为社会发展的根本原因。

事实上，企业的产生、发展、变迁，归根到底是由生产力水平决定的。生产力水平低，采用手工劳动，企业只能属于以简单分工为基础的手工作坊；生产力有了发展，发明应用了机器，企业才逐步成为现代企业，同时它的生产费用才由于技术进步和劳动生产率的提高而下降。技术越先进，企业规模越适当，产品的生产费用就越低。当然，企业的总成本与销售成本、流通成本有一定的关系，但是，企业的生产费用主要决定于企业的技术水平与经营管理水平；不同规模的企业之所以有不同的成本，那也是由于规模经济规律的作用，而企业规模又主要是由生产力水平和市场容量决定的，而不是什么“交易”决定的。