理论教育 新基因的分离(RACE)技术在分子生物学中的应用

新基因的分离(RACE)技术在分子生物学中的应用

时间:2023-11-04 理论教育 版权反馈
【摘要】:随着生物技术的不断发展,获取新的基因成为分子生物学研究的重要内容。(一)基本原理经典的RACE技术主要通过RT-PCR技术由已知部分cDNA序列来得到完整的cDNA的5′和3′端,也叫单边PCR或锚定PCR。Matz等在cDNA合成过程中,利用模板转换效应、PCR抑制效应和降落PCR技术,有效地提高了cDNA末端快速扩增的灵敏度,这种经改进的RACE称为SMART RACE。

新基因的分离(RACE)技术在分子生物学中的应用

随着生物技术的不断发展,获取新的基因成为分子生物学研究的重要内容。目前筛选获得新基因的方法有很多,但均有不足,如基因组减法技术和cDNA文库筛选技术,具有周期长、步骤多等缺点;通过Genbank中的EST拼接出cDNA又有Genbank中的EST是有限的问题,且有些目的基因丰度很低,获取其全长cDNA非常困难。在这种情况下,1988年,由弗罗曼(Frohman)等发明的cDNA末端快速扩增(Rapid Amplification of cDNA Ends,RACE)技术,可以快速获得cDNA的5′和3′端,以其简单、廉价等优势受到越来越多的重视,成为克隆全长cDNA序列最常用的手段。

(一)基本原理

经典的RACE技术主要通过RT-PCR技术由已知部分cDNA序列来得到完整的cDNA的5′和3′端,也叫单边PCR(one-sided PCR)或锚定PCR(anchored PCR)。是在反转录的同时,在5′和3′端加上通用接头引物,然后利用通用引物和基因特异引物进行PCR反应,从而快速获得目的基因cDNA的5′端和3′端。

1.3′-RACE原理 利用mRNA的3′末端的poly A尾巴作为一个引物结合位点,以Oligo-dT和一个接头组成的接头引物反转录合成标准第一链cDNA,然后,用基因特异引物(Gene Specific Primer,GSP)作为上游引物,以含有部分接头序列的通用引物(Universal Amplication Primer,UAP)为下游引物,通过PCR获得已知序列和poly A尾之间的未知序列,见图7-1。

图7-1 3′-RACE原理图

2.5′-RACE原理 利用mRNA的3′末端的poly A尾巴作为一个引物结合位点,用一个反向的基因特异引物GSP反转录合成标准第一链cDNA,在反转录达到第一链的5′末端时自动加上一个接头,再利用基因特异引物和通用引物,以第一链cDNA为模板,进行PCR循环,把目的基因5′末端的cDNA片段扩增出来,见图7-2。

(二)技术要点

1.反转录 影响RACE结果的关键是mRNA反转录合成第一链cDNA,在进行反转录的过程中,不完全的cDNA仍然可以用脱氧核糖核酸末端转移酶(TdT)加尾后进行PCR扩增,所以,要使用高质量未被降解的mRNA,尽可能地避免不完全cDNA产生。(www.daowen.com)

2.加尾反应 标准的RACE要求把第一链cDNA用TdT加上一个poly A尾。反转录后,游离的核苷酸会干扰互补同聚物尾与锚引物的杂交,过剩的cDNA引物会降低加尾的效率,还会在下步PCR反应中作为退火和延伸的底物,降低PCR的效率,所以为了加尾成功,必须除去游离的核苷酸和过剩的cDNA引物。方法之一是使用RNA ligase以共价方式把寡核苷酸连在cDNA的5′端或直接连接在起始RNA群上,以绕过TdT介导的cDNA加尾。

图7-2 5′-RACE原理图

3.PCR扩增 RACE技术是为确定未知cDNA序列的,在PCR中引入的突变要最少,为增加PCR反应的产率和特异性,采用热启动PCR等新方法,先把不含模板或模板和聚合酶的其他PCR成分混合,当混合物温度预热到引物退火温度以上再加入这些组分。

(三)RACE技术改进

对传统RACE技术的改进主要是引物设计及RT-PCR技术的改进两个方面,具体方法为:一是利用锁定引物合成第一链cDNA,即在oligo(dT)引物的3′端引入两个简并的核苷酸,使引物定位在poly A尾的起始点,从而消除了在合成第一条cDNA链时oligo(dT)与poly A尾任何部位的结合所带来的影响;二是在5′端加尾时,采用poly C代替poly A;三是提高反转录的温度,选择嗜热DNA聚合酶可以消除5′端由于高GC含量导致的mRNA二级结构对反转录的影响。

Matz等在cDNA合成过程中,利用模板转换效应、PCR抑制效应和降落PCR技术,有效地提高了cDNA末端快速扩增的灵敏度,这种经改进的RACE称为SMART RACE。

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