调查开始

针对萨拉热窝事件的相关司法调查自普林西普开枪的那一刻就开始了。在事件发生的几小时之后，忍受着氰化物残渣的灼烧和弗朗茨·约瑟夫大街上群众“私刑”后带来的伤痛的加夫里洛·普林西普被带到了身在萨拉热窝的奥匈帝国法官莱奥·普费弗（Leo Pfeffer）面前。普费弗后来回忆道：“这个年轻的刺客身材矮小且面黄肌瘦。很难想象看起来如此文弱的一个人能犯下如此深重的罪行。”一开始普林西普似乎连说话的力气都没有了，但当普费弗直呼其名的时候，普林西普“以一个清晰而平缓的声音”回应了他。在之后的几天里，普林西普以坚韧的毅力百般阻挠官方的调查取证工作，在6月28日下午对他进行首次审讯时，他表示自己完全是独自行动的，跟查布里诺维奇没有任何瓜葛。“当我听到（查布里诺维奇所投出的炸弹产生的）爆炸声时，”普林西普解释道，“我告诉自己：看来有人有跟我一样的目的。”在接下来的几天中，他甚至为自己的虚假供述增加了很多细节描述，以加强其所谓的真实性：他当时被查布里诺维奇的举动震惊了，以至于忘记在大公经过自己身边时举枪射击，之后只好迫不得已找了另一个地方实施他自己的刺杀行动。查布里诺维奇起初也证实了这一说法，在萨拉热窝事件发生的当天下午，他也声称自己是独自策划的此事，他使用的炸弹是从贝尔格莱德一个不记得名字的“无政府主义者”那里得到的。

刺杀者在法庭上

而第二天，也就是6月29日星期一，查布里诺维奇的供词却突然改变了，他承认与普林西普是同伙，并且他们在贝尔格莱德一起策划了此次犯罪行动，武器是由一个曾参加了巴尔干战争的“前游击队员”在复员后保留下来并提供给他们的。后来查布里诺维奇指认了齐加诺维奇就是那个“前游击队员”，当普林西普在周一早上面对以上供述时，他也承认他们确实是同伙。

至此，两个年轻人都做出了一个较为合理且一致的供述，调查此时似乎已经到头了。普费弗并不是一个善于审讯罪犯的人，他在整个过程中都没有采用刑讯逼供或任何其他司法威胁的审讯方法。普费弗似乎非常反感采用这种威逼的手段得到不同犯罪分子之间的一致口供，因为在他看来，只有面对独立的罪犯并通过非胁迫的方式得到的供述才是值得信赖的真相。实际上，想得到独立的供词并非易事，因为查布里诺维奇和普林西普即便被各自关在单独的房间里，却可以通过敲击之间的隔板，以他们之前在一本俄国小说里学到的暗语及时交换信息。

在这之后推动调查取得更多进展的并非这两个人的供词，而是来自于当地警方对相关嫌疑人员大范围的搜捕，因为他们都怀疑此事必有其他同党尚未落网。达尼洛·伊利奇就是因此落入警方手里的。实际上警方并没有掌握确凿的证据，他们之所以逮捕伊利奇，是因为知道他与普林西普交往密切，并且他经常与塞尔维亚种族主义者们沆瀣一气。而伊利奇此时也不知道警方到底掌握了多少证据，同时他开始怀疑是普林西普或查布里诺维奇供出了自己。当他在7月1日星期三被警方带到普费弗法官面前时，他彻底慌了，并要求“坦白从宽”，他表示，如果法官能保证他不被判处死刑，他就把知道的一切都供出来。普费弗没有这个权利，但他提醒伊利奇，在奥匈帝国的法律中，提供相应证据帮助破案确实有助于在最终判决中减刑。

逮捕嫌疑人

对于伊利奇来说，这就足够了。他的供词揭穿了普林西普和查布里诺维奇之前编造的故事，并让调查进入一个全新的阶段。根据伊利奇的供述，参与此次刺杀活动的远不止两个人，而是一个由七人组成的组织，其中三个人来自贝尔格莱德，这三个人是由伊利奇亲自招入组织的。之后他提供了该组织的详细名单，并推测了他们目前的大致行踪。在得到这些信息后，普费弗立刻从审讯室冲到外面，并电话通知各处去逮捕名单上的那些人。

第一个落网的是特里夫科·格拉贝日，即第三个来自贝尔格莱德的组织成员。当时在普林西普开枪后。格拉贝日也给自己精心规划了一个摆脱嫌疑的办法，他从事发现场小心地离开，躲到了他在萨拉热窝的一个叔叔家，并把随身携带的炸弹和手枪也藏在那里。之后他绕过城镇闹市区，来到另一个在当地开餐馆的叔叔那里，在那里吃了饭并过了一夜。第二天一早，他乘火车回到在帕莱的家中，并打算从那里逃往塞尔维亚。最后他在临近塞尔维亚边境的一座小镇上被逮捕。在萨拉热窝事件发生后的9天内，丘布里洛维奇和波波维奇也先后落网，只有穆罕默德巴希奇尚未被抓。当时他已经逃到了黑山，并躲过了奥匈帝国警方的追捕。即便如此，萨拉热窝的警方也已经可以采取下一步行动了。伊利奇的供词又使得更多的相关人员进入警方的视线当中，从学校教师到街头地痞无所不包，甚至连当时给几名刺客提供过夜住所或帮助他们藏匿、运送武器的当地农民也被牵连。

想查出塞尔维亚与这件事有关的方面则是更为困难的一件事。武器是塞尔维亚产的：左轮手枪是在塞尔维亚手工制造的，炸弹经查也出自塞尔维亚的军事重镇克拉古耶瓦茨。6月29日，查布里诺维奇供出在贝尔格莱德时是丘布里洛维奇给他们提供了武器装备。但以当时丘布里洛维奇身为波西尼亚流亡者的身份，他在当地似乎并没有那么强的能力通过高层搞到这些东西，这也表明塞尔维亚官方并未参与此事。而根据后来意大利历史学家路易吉·阿尔贝蒂尼（Luigi Albertini）的结论，如果齐加诺维奇是作为尼古拉·帕希奇的助手在黑手社做相关的情报工作，那么他也不会这么快就被抓到。对于沃亚·坦科西奇这名曾经参加游击战的塞尔维亚的民族主义者来说，情况就比较复杂了，根据伊利奇的供述，坦科西奇不仅为刺客们提供了武器，还在贝尔格莱德训练他们的枪法，而且也是他告诉他们，即便自杀也不能落入警方手里。来自贝尔格莱德的这几名刺客一开始表示完全没听说过有坦科西奇这么一个人，直到他们一个个被带到伊利奇面前当面对质之后（一个比较少见的方式，可通过嫌犯之间的当面口角来从中辨别真相），普林西普、查布里诺维奇和格拉贝日才承认坦科西奇确实也参与了这次犯罪活动。

但经过两个星期的努力，直到此时奥匈帝国方面对于该事件的幕后真凶到底是谁，还是一头雾水。或许确实如历史学家约阿希姆·雷马克（Joachim Remak）所说，普林西普、格拉贝日和查布里诺维奇在面对审讯时通过“从最初的闭口不谈到扭捏作态，再到最后的假意逢迎”而精心布下了一个迷局，同时在他们三人的努力之下也让伊利奇的供词丧失了很大效用，也让贝尔格莱德官方未能成为被怀疑的对象。他们都没有提到黑手社，而是一直在暗示关于齐加诺维奇和民族自卫组织之间的联系，但实际上这种转移注意力的方法让奥地利人的调查走向错误的方向。加之普费弗法官消极的诉讼态度，也给了刺客们更多的时间完善他们谎话的各个细节。

即便警方的调查进展缓慢，依然让奥匈帝国政府上层将此事与贝尔格莱德有关的边境问题产生了联系，而波蒂奥雷克在萨拉热窝事件发生后的几小时内所发出的电报就已经提到了该事件与塞尔维亚有关组织千丝万缕的联系，他在电报中称“投掷炸弹的人”查布里诺维奇实际上参与了一个“由贝尔格莱德方面操纵的”塞尔维亚社会团体；普林西普也曾在贝尔格莱德的“塞尔维亚东正教”学校就读，而且警方也曾在普林西普哥哥的住处找到“整整一个图书馆那么多的贝尔格莱德出版的关于种族主义的书籍”。奥匈帝国驻贝尔格莱德大使馆也截获了一份加密的电报，上面显示查布里诺维奇就在萨拉热窝事件发生的几个星期前还曾受雇于贝尔格莱德的一家出版社。而在6月29日发出的另一份比较长的报告中，奥匈帝国驻贝尔格莱德大使发现这些刺客曾在贝尔格莱德接受“政治教育”，并将谋杀冠以塞尔维亚种族文化的高尚名义，其中最著名的教材范例当属中世纪的自杀式袭击者米洛什·奥比里克，他被称为“塞尔维亚人的英雄”：

我还不敢直接指责贝尔格莱德（政府）应对谋杀行为负责，但他们肯定有间接责任，在他们的领导下，民众受教育的程度一直不高，尤其是在（塞尔维亚）外交部之下的宣传部，他们多年以来安插一些教授和写手煽动舆论引发种族仇恨。

波蒂奥雷克也并未就此收手。在一份发给陆军大臣的加密电报中，他发现刺客曾提到从贝尔格莱德获得武器装备的支持。但即便刺客并未亲口承认这一点，波蒂奥雷克也“完全相信”幕后的黑手来自于塞尔维亚。尽管他无权为此采取什么官方措施，但在他看来，只有“在外交上采取强硬的手段，才能确保波斯尼亚—黑塞哥维那地区的长治久安”。萨拉热窝事件的余波在最初的报道中持续存在，“我们依然没能从昨天的灾难性事件中缓过神来，”驻贝尔格莱德的奥匈帝国大使表示，“为此我也始终很难以冷静和客观的态度评估萨拉热窝事件所产生的后果……”仅仅通过司法方面的调查，奥匈帝国方面立刻就对塞尔维亚政府充满了复仇的愤怒，并将其作为“假想敌”来看待了。