医政机构和管理制度
两宋医事制度较前代有较大发展，改进体制，加强了医事管理，这与宋代多位皇帝“留意医术”、重视医药有很大关系。宋初，宋政府在太常寺下设“太医署”，翰林院下设“翰林医官院”和“翰林御药院”，还设有其他保健或慈善机构。“翰林医官院”“翰林御药院”是医药管理机构；“太医署”后来改为“太医局”，主管医学教育。掌管医政的“翰林医官院”和负责医学教育的“太医局”互不隶属，各司其职，改变了唐太医署将医药行政与医学教育合一的建制。宫廷医疗分别由太医局和御药院承担。翰林医官院的设立，改变秦汉以来我国医药事务管理上的不协调局面，分工更加明确，对后世医药管理产生重要影响。
翰林医官院，元丰五年（1082年）改称翰林医官局，掌管医之政令和医疗事务，掌供奉医药及承诏视疗众疾之事。所谓“承诏视疗众疾”，包括出宫赈灾防疫，向军队、学校等派遣医官。此外，官方医生的选拔、任用、修定本草、校定医籍、地方医疗等与医药相关的事务基本上都由翰林医官院领导或协调，加强宋代政府对医药事业的统一管理。翰林医官院通常设院使、副使各2人，共同管理院事，下设直院4人、尚药奉御6人，并设医官、医学、祗候等职。翰林医官院初期并无定员，宝元元年（1038年）规定总额102人，嘉祐二年（1057年）规定翰林医官院自直院以下限额142人，宣和二年（1120年），人员最高达到1096人。
对翰林医官的选拔，朝廷规定年龄必须在40岁以上，经过各科专业考试合格后才能任用。成绩最优秀者留翰林医官院，其他则分配任医学博士或外州医学教授。淳熙十五年（1188年）后，又把医官考试对象扩大到各地民间医生，经过推荐、进修和一系列考试，按成绩授予各级医官衔。宋代翰林医官院的医官品阶较为复杂，宋徽宗于政和年间（1111—1118年）改医官之名，立医官23阶，在中国历史上第一次确立医散官阶衔，后为金、元等各代所效仿。宋代翰林医官院的设立，对于中央政府统一管理全国医药机构有很大作用。以后元代在此基础上，建立了完全意义上全国统一的最高医药管理机构——太医院。
宋代除设立翰林医官院外，还在承袭唐制基础上建立其他类型的官办或民办医疗慈善机构，如安济坊、病囚院、漏泽园等。不仅类型和数量明显增多，而且规模逐渐扩大，设备和管理也有所进步。在医院管理上，宋代也较前代更为周密，注意对病人按性别、病种、病情轻重进行必要隔离。医护之间有一定分工，并且重视护理，病坊设有专人负责饮食、打洒、杂使等。大观四年（1110年）实行的安济法，是世界上早期颁布的济贫法。全国各州县设立安济坊，收容有病穷人。安济法还规定医务人员数量、级别升降标准等。病囚院则是官府专门为囚犯提供医疗活动的场所。设于崇宁三年（1104年）的漏泽园，是官府用以安葬无名尸体和家贫无葬地者的公共墓地。除此外，宋代还设有慈幼局、养济院、福田院、保寿粹和馆等。各种医疗、慈善机构的设置，从不同侧面反映宋代朝廷对医事管理和医政机构的重视。
尽管金代与宋代的医事制度相似，但金代设立主管医政的“太医院”，将尚药局、御药院一起隶属于宣徽院管辖，这是与宋朝不一样的地方。金代太医院官员有提点、院使、副院使、判官等官职，掌诸医药，总管院事。金代医学分10科，额50人。凡某科医生满10人则设管勾一员，以医术精者充任。同时，金代太医院还设正奉上太医、副奉上太医、长行太医等一般医务人员，负责医疗。太医施治对象广泛，或直接服务于皇室贵族，或承诏为军旅及地方百姓看病。
元代沿袭金代太医院制度，设有太医院提点、院使、副院使等医官，总理天下医政，其最高长官为“太医院大使”，这是元代对医药事务制度化管理的确立。据罗天益《卫生宝鉴》记载，元代第一位太医院提点，是曾经与罗天益、窦默、忽吉甫等名医共事的颜天翼。元代在太医院职官建制中，逐渐取消提点、副使等，并增加许多新职官，其设置和名称与其他部门职官设置基本相同。元代太医院自窝阔台汗十三年（1241年）建立，发展至大德五年（1301年），成为一个独立的医药管理机构，地位很高。其间，在太医院官员倡导下，相关医药管理制度也不断出台，并增设专门机构负责相关事宜。太医院之下，先后分别设立御药院、御药局、行御药局、御香局，负责管理御用医药；设立大都惠民局、上都惠民局，负责贫民医疗。随着医药管理上各种弊端的出现，元代增设“医学提举司”和“官医提举司”分别管理全国医学和各地医户。这些机构的建立，提高了太医院工作效率，有利于元代各项医药管理政策的顺利推行，表明元代医政的不断完善。
此外，元代除在京都及诸路继续设立养济院外，还建立以伊斯兰、阿拉伯医学为主的官方医疗组织——广惠司及回回药物院，同时设置具有军队医院性质的安乐堂。广惠司的创立使得大量伊斯兰、阿拉伯地区的药材得以输入中国，被逐渐应用。