古医籍考证和研究
清政府实行“八股”取士科举制度，推行以注释儒家经典为主的考据学，令学术界形成潜心经史，尊崇经典，注重考据的学风；通过校勘、辨伪、辑佚、注疏、训诂、考订史实等多种手段，整理保存大量古籍与文献。中医界受其影响，注重对医经的校正、注释、辑佚、发挥，以及类书的编辑，并使之系统化，促进了医学经典著作研究和中医文献的保存整理。
（一）《内经》的研究
清代考据之风盛行，因此许多医家投入大量精力研究《内经》。据统计，自清代顺治至宣统年间，研究《素问》《灵枢》的著作至今存世者有80种之多。其研究方法和写作形式主要有六类：有对《素问》《灵枢》全书进行注解者，如张志聪《黄帝内经素问集注》《黄帝内经灵枢集注》，高世栻《黄帝内经直解》、陈梦雷、蒋廷锡等《灵枢经》和《黄帝内经素问》、张琦《素问释义》、高亿《黄帝内经素问详注直讲全集》等；有对《灵枢》《素问》经文择要注解者，如姚绍虞《素问经注节解》、冯兆张《内经纂要》、徐大椿《内经诠释》、邹汉璜《素灵杂解》、费伯雄《内经摘要》、周孝垓《内经病机纂要》等；有仿“类抄”“类经”之例将《素问》《灵枢》内容分类纂注者，如罗美《内经博义》、林澜《灵素合钞》、汪昂《素灵类纂约注》、顾靖远《素灵摘要》、薛雪《医经原旨》、黄元御《素问悬解》《灵枢悬解》、叶霖《内经类要纂注》等；有援经旨以发挥己见者，如程林《医经理解》、江之兰《医律一筏》、薛本宗《素问》、黄元御《素灵微蕴》、沈又彭《医经读》、范在文《医经津渡》等；有致力于经文训诂者，如陆懋修《内经难字音义》、胡澍《黄帝内经素问校义》、田晋蕃《内经素问校正》等；还有据《内经》理论会通西医之说而阐解者，如陈绍勋《内经撮要》、唐宗海《中西医汇通医经精义》等。凡此，都对后世研究《内经》影响甚大。
（二）《难经》的研究
清代研究《难经》成就较大，多将《内经》《难经》有关内容相互对照，并以《内经》理论阐述《难经》义理与渊源。徐大椿《难经经释》“以经释经”，即以《内经》理论为本，阐发《难经》义理及学术渊源，注文前后联系参照，有助于理解《难经》。丁锦《古本难经阐注》参考滑寿等17家之说，对《难经》加以注释评述，通俗扼要，使《难经》之旨曲畅旁通，为学者所推崇。叶霖《难经正义》有考证、有分析，辨析精切，考证详审；所引《素》《灵》文字，全有篇名查对，对于脏腑部分，兼采西说引证，是《难经》注疏之善本。研究《难经》的专著，还有莫熺《难经直解》、黄玉璐《难经悬解》等。这一时期，诸家评注《难经》多有发明，较之明代，更上楼层。(https://www.daowen.com)
（三）《伤寒论》与《金匮要略》的研究
清代经方盛行，《伤寒论》研究进入鼎盛时期，人数之众，风气之盛，著作之多，都超过前代，并形成多家有影响的伤寒学说。其中最有代表性的是三纲鼎立说、六经地面说、六经气化为病说，以及俞根初的四时感证论治说、尤怡的不拘三纲之说等。
三纲鼎立说的倡导者是清初医家喻昌，代表作《尚论篇》8卷，前4卷在清顺治五年（1648年）刊行，后4卷由其族人整理出版。他的“四时外感以冬月伤寒为大纲；伤寒六经之中，以太阳为大纲；太阳经中，又以风伤卫、寒伤营、风寒两伤营卫为大纲”。这一学说对医学界产生重要影响，其弟子徐彬、罗子尚、舒韶、吴仪洛及张璐、程应旄、章楠等都推崇其说，并有所发展。六经地面说由柯琴提出，认为六经犹地面经界，经络为六经通路；伤寒论六经为百病立法，包括外感伤寒和内伤杂病；故治伤寒者须究其中有杂病之理，论杂病者须知《伤寒论》也有杂病之说，颇有见地。张志聪反对三纲鼎立说，倡论六经气化为病说，认为“天有此六气，人亦有此六气”，运用六气本、标和中气理论全面注解《伤寒论》，强调从生理上阐述人体六气的产生、分布、运行过程，并对伤寒三阴、三阳病的病机作探讨，对研究伤寒颇有参考价值。继后陈修园、黄元御、陆九芝等多赞同此说，并有所阐发。俞根初提出四时感证论治说，认为“伤寒，外感百病之总名”。除论述狭义上的伤寒外，还将风湿、湿温、春温、热证、暑湿、伏暑、秋燥、风温时毒等四时感证均归属广义伤寒之中，对后世辨证用药颇有指导意义。尤怡研究伤寒自成一家，既博采众长，又不受前人框限。他反对三纲鼎立说，强调以法类证，据证论治，对后世临床辨证立法及经方应用有重要指导意义。其他如徐大椿注重方证研究，增加补充不少伤寒方剂等。凡此可见当时《伤寒论》研究之盛况。
清代对《金匮要略》研究进入高潮，自康熙初年至晚清，有著作存世且有学术影响者不下20家。其著名者，有张志聪《金匮要略注》、徐彬《金匮要略论注》、程林《金匮要略直解》、周扬俊《金匮要略补注》、沈明宗《金匮要略编注》、魏荔彤《金匮要略方论本义》、吴谦等《医宗金鉴·订正金匮略注》、尤怡《金匮要略心典》和《金匮翼》、黄元御《金匮悬解》、陈修园《金匮要略浅注》等。其中以张志聪、徐彬为较早，以沈明宗、吴谦、尤怡等的注本影响为最大。如尤怡《金匮要略心典》不仅注释明晰，而且善于归纳，颇多发挥。其阐述仲景原文精义很有卓见，确为《金匮要略》注本之上乘之作。经过清代众多医家的研究阐述，使仲景关于杂病辨证论治的思想更易为后世医家所接受，从而提高临床诊疗水平。