治疗注重整体，以调补脾肾为要

张琪崇尚前贤李东垣“补脾治后天”和张介宾“补肾治先天”的学说，从中医学术理论体系入手，总结大量临床经验，认为肾病之水肿、蛋白尿、血尿与脾肾相关，其病机关键为脾、肾功能失调，三焦气化失司，尤其是慢性肾脏病，脾肾阴阳失调贯穿疾病的始终，提出从脾肾论治慢性肾脏病理论。张琪提出健脾补肾法为慢性肾病基本治疗大法，根据疾病不同阶段正虚邪实的轻重不同，采用扶正与祛邪同治。如治疗水肿施以温肾健脾法、和中分消法；治疗蛋白尿施以升阳益胃法；治疗尿血以补肾益气清热法、补肾益气固摄法；治疗慢性肾衰以化湿醒脾、清热化湿、健脾和中、健脾补肾等方法。调脾重在促使脾气健运，不可过用香燥之品，以免伤津耗液，影响气血生化；补肾有滋补和温补之别，不可过用滋腻碍脾之物，以免造成脾气呆滞。