对部分功能性遗粪症患者，可用一些中药加以纠正，其治疗原则为通因通用。针灸、推拿和穴位电刺激亦有较好的疗效。通过上述措施进行积极治疗一般预后良好，但仍有待继续观察。有研究发现，8～10岁遗粪症儿童10年后的身心健康与正常对照组比较差别无统计学意义，即与正常对照组相比无或仅存在较轻的身心健康障碍。同时发现，其预后与遗粪症的类型有一定相关性，继发性分别和原发性与对照组比较，差别有统计学意义。
