1.2 管理机构
流域系统除了发挥水土保持、水源涵养、洪水调蓄、生境维持、生物多样性保护等多种生态服务功能外，还为人类提供水资源、渔业、泥沙资源以及排污、航运、发电、景观、娱乐等多种服务。涉水管理事务包括防洪治涝、灌溉、水土保持、水资源开发、水工程建设、水污染防治、入河湖排污、水生生物资源、湿地生态、航运、河湖采砂、饮用水安全、水上治安等。我国针对不同的流域管理事务分别设立了不同的管理部门，包括水利、环保、渔政、港航等，此外农业、林业、国土、住建、卫生等部门也有涉水管理方面的职权。
流域管理涉水要素众多，涉及的部门也多，在具体的规划、管理工作中，一般是以某个部门牵头，其他部门参与的方式开展工作。[2]例如，水利工程建设等事务以水利部门为主，饮用水管理以住建、水利部门为主，河湖水质监测、污染源排放监管等事务以环保部门为主，鱼类资源保护以农业渔政部门为主，湿地保护以林业部门为主，水上交通和治安管理方面以交通和公安部门为主。新一轮机构改革对涉水管理机构进行了重大调整，新组建的自然资源部整合了水资源监管方面的职能，生态环境部整合了水污染防治方面的职能。各项管理事务之间都相互牵连，如城镇生活污水的处理和排放问题，住建部门负责生活污水处理设施建设，环保部门负责排污权审批和排放监管，每个部门负责其中一部分，但彼此又互为关联。因此，部门之间的协调在水环境管理当中显得尤为重要。
这些管理部门，中央政府层面和省级政府层面大部分一一对应，但也有例外。例如，水利部为了统筹流域水资源开发和治理，在长江、黄河、淮河、珠江、海河、松花江、辽河七大流域和太湖流域设立了流域水利委员会或流域管理局，作为水利部派出机构，承担流域的水资源管理和监督职责。鄱阳湖流域水利管理方面事务既受江西省水利厅管理，同时也受长江水利委员会管理，即流域管理和行政区域管理结合的管理体制。广东省水利厅采取相同做法，在东江、西江、韩江、北江流域设立了流域管理局，江西省目前还没有在五河设立类似的管理机构。
针对一些重大工程项目或创新制度，在省级及以下层面会专门设立一些机构。例如2007年太湖蓝藻危机后，为了加强太湖水污染防治监管工作，江苏省政府成立了江苏省太湖水污染防治办公室，作为江苏省政府派出机构，正厅级建制，经省政府授权，统一履行全省范围内太湖水污染防治工作综合监管职责。鄱阳湖流域也成立了一些专门的管理机构，例如1985年实施的山江湖工程，江西省政府成立了山江湖开发治理委员会，负责山江湖工程统筹、议事、协调工作。委员会是一个非常设机构，但是下设了正厅级办公室，负责落实委员会日常工作。为了推进鄱阳湖水利枢纽工程建设，江西省于2010年成立了正厅级鄱阳湖水利枢纽建设办公室。类似还有2011年成立的鄱阳湖生态经济区建设办公室，具体负责综合协调、指导鄱阳湖生态经济区建设。目前，这些机构由于时代或政策变化，面对新的形势，发挥的作用已经有所弱化。2016年12月，中共中央办公厅、国务院办公厅联合印发《关于全面推行河长制的意见》，要求各省（区、市）在2018年底前全面建立河长制。河长制上升为国家行动，河长制成为当前水环境治理最受关注的创新制度，各省市纷纷设立河长办。江西省推进河长制相对较早，于2015年底建立了省、市、县、乡、村五级河长体系，河长办设置在水利厅。(https://www.daowen.com)
流域管理模式方面，鄱阳湖流域大部分采用的是属地管理模式，但少部分管理部门采用省级垂直管理模式，如港航部门，市级港航分局由省港航管理局管理，环境监察也在推进垂直监管模式改革。鄱阳湖渔政管理曾经采用省级垂直管理模式，由省鄱阳湖渔政局统管鄱阳湖沿岸各县区渔政分局，但是由于地方渔业相关纠纷过于频繁，省局难以应付，导致管理效率低下，2013年被调整为县级属地管理模式，将管理权限下放到了各县区。管辖领域方面以市县行政区域划分为主，部分水利管理事务划分了省管河段和市管河段。
涉水管理主体之间职权交叉重叠，导致流域管理乏力、效率低下，所谓“九龙治水，水不得治”“环保不下河、水利不上岸”是我国流域管理最常见的问题。其次，涉水问题的权责部门并不一定是该行业的主管部门，因而导致管理工作经常难以落到实处。单一部门对涉及多部门综合性的问题管理力度非常有限。例如，水利部门是河道采砂的权责部门，但是采砂船只由港航部门主管，在此情况下，水利部门单独对非法采砂行为的管理能力就显得很薄弱。此外，属地管理导致了一个现象，交界水域破坏资源和环境违法行为相对更为突出。
这些问题的存在是我国现行分部门、分行政区的行政管理架构和流域问题复杂性所决定的。对地方政府而言，存在一定的空间补充建立一定的制度和机制，去改善流域管理成效。例如江苏省建立的太湖水污染防治办公室在太湖水污染防治综合监管方面发挥了较为明显的作用。河长制最早也是江苏省无锡市于2007年开创的。山江湖开发治理委员会是鄱阳湖流域第一个统一规划、管理和协调的省级机构，在鄱阳湖流域综合开发和治理中曾经发挥了重要作用，意义重大，更重要的是对当下鄱阳湖流域管理理念产生了深刻影响。无论是《国家生态文明试验区（江西）实施方案》提出的“山水林田湖草综合治理样板区”战略地位，还是江西省制定的“以流域生态综合治理为抓手打造‘河长制升级版’”的决策部署，统筹山江湖开发、保护与治理，实现流域生态、经济、社会协调发展的理念都一脉相承。
