领队大臣时期（乾隆三十八年九月至三十九年十月）

温福阵亡后，乾隆决定了新的人事安排：调阿桂为将军，色布腾巴尔珠尔为参赞，主攻西路；明亮升为副将军，富德为参赞，主攻南路；丰升额和舒常继续留在北路筹办进攻事宜。海兰察由于木果木之败以及未能守住美诺，降为领队大臣。

阿桂抵达西路后，进行了两个月的休整，增派大批精兵，运送大量火器军械，并和乾隆以及色布腾巴尔珠尔、海兰察等关于进攻线路进行了多次磋商，最终决定兵分三路进攻小金川：海兰察率兵驻扎色布色尔，防番兵截断后路；富兴为中路，进攻美美卡；阿桂自带一路进攻资哩，并为各路接应，于十月二十五日夜进发^[44]。此次进军极为迅速，仅用了十天就收复小金川全境^[45]。此后，战争的目标就转向了歼灭大金川。

经过一个多月的准备，特别是再次大幅增兵添饷后，阿桂于乾隆三十九年正月初六日由谷噶山进剿大金川。谷噶山在西路最北面，之前未经攻剿，难度要低一些。从此进攻标志着阿桂放弃了原来自功噶尔拉和昔岭的进攻路线，进攻目标由噶喇依转向勒乌围。为从谷噶进兵，阿桂命令海兰察带精锐之兵夜间潜进，以防被金川发现，同时功噶尔拉等处之兵仍逐渐移营，虚张声势，使金川不能及时明白清军的真实意图。阿桂兵分三路：第一队官兵5000余名，由海兰察带领，辅以额森特、普尔普、保宁等，于初六日进发；第二队5000余名，由色布腾巴尔珠尔带领，其他将领还有福康安、乌什哈达、成德等，于初七日进发；第三队5000余名，由阿桂亲率，手下将领为海禄、倭升额等，于初八日进发^[46]。海兰察在这个阶段参与了几次重大战役^[47]，身先士卒，尽到了领队大臣的职责。