海兰察的善后行动
六月十二日，海兰察收集大量兵丁、役夫等退至美诺，希冀坚守于此。但是大小金川番兵不断对美诺发起攻击，从多面合围。清军士气降到最低点，且兵器短缺，难以再战，海兰察于六月二十三日被迫退守至日隆。乾隆此时最关心的是阿桂的安危，对海兰察总的要求是“妥为留心办理打通将军之后路、连接驿站、剿杀逆贼等事项，俟将军阿桂抵达美诺后，海兰察再率兵前往接应去处”[22]，事实上海兰察和富兴、博清额等，做了更多：
1.奏报伤亡情况。此一败仗清军损失巨大，仅文武官员就有将军1人，副都统两人，提督3人，总兵、御前侍卫、副将、参领、知府、知州、知县、主事、同知、典史、都司、守备、参将等100余人阵亡[23]。伤亡情况是乾隆最为关心的事情之一。海兰察在六月十二日退至美诺之后，即上奏汇报了伤亡情况。他说：“由昔岭突围与贼交战时，副都统巴朗先前业已负伤，见兵溃散，急忙上马与贼打战，不幸阵亡。主事王日兴、赵文哲亦阵亡。”[24]游击曹顺一直作战勇敢，此次又负伤，乾隆十分关切，海兰察上了一个奏片，报告其受伤情况[25]。六月二十九日又派副都统巴雅尔火速前往避暑山庄以备乾隆垂询，并把木果木之败及以后阵亡及未加撤出之大臣、将领、兵弁等清单上呈[26]。
2.保管将军遗物。木果木失事时，温福中枪而亡，尸首来不及收便被金川番兵抢去了，其子永保仅拼命摘取温福扳指。海兰察考虑到此物很重要，应该护送回京，便专门派一些军官护送永保及扳指，并令沿途各驿站皆派官兵看护[27]。温福在临死前说“万一败之于贼，印信攸关重要，断不得有失”[28]，令巴尼浑、舒林和昌兴护送报匣及印信突围，海兰察将印信与报匣妥善保管，并在非常时期用温福报匣奏事。
3.遣散无用兵丁，搜寻脱出兵丁，核对人数。木果木败后，西路官兵士气降到极点。后来明亮回忆说：“吾方结营美诺，见溃兵如蚁，往来山岭间。吾遣人止之，溃兵知吾在，止者数千，吾为之收留犒赏。兵方安眠，适有持铜匜沃水者，误落于地，有声铿然，溃兵即惊曰：‘追者至矣！’因群起东走，势不可遏，其丧胆也若此。”[29]这与海兰察奏报的情形相吻合。六月十三日清军同番兵发生小规模交战，“新派绿营兵皆惊慌失措，纷纷逃往明郭宗方向。副都统乌什哈达亲往制止未果，奴才海兰察愤怒至极，亦前去协同乌什哈达把守桥口阻拦，全然不听从”[30]。于是海兰察同博清额、富兴、乌什哈达等商议，先后遣散没有战斗力的兵丁2000余名。又经过近二十天的搜寻，查出“现有京城满洲、成都满洲、各省绿营、瓦寺、土练、木坪之兵一万三千二百一十名”[31]，奏报乾隆。
4.全力打通与阿桂联系之路。木果木之败以后，阿桂所处南路也在危险之中，乾隆十分担心阿桂的安全，海兰察也视打通与阿桂联系道路为第一要务。六月十四日，海兰察即奏请派遣尚属可靠兵丁防守阿桂来路要隘，以打通阿桂之驿路。十五日得到阿桂咨文，知道阿桂尚在当噶尔拉，僧格宗并未失守。此后几日派额森特等带兵打通道路，但由于大小金川番兵层层阻隔，一时难以推进，后来由于美诺失守，退至日隆，打通阿桂道路又变得困难起来。海兰察等为联系阿桂付出了巨大的努力，还试图从打箭炉北上，终于派两个军官于七月十九日起程将定边将军印信送交阿桂。而阿桂也在当噶尔拉形势稳定后，前往西路，二者在八月会师。
5.加强日隆的防务。清军败退至此，已经到了不能再退的境地。海兰察丢失美诺，已令乾隆震怒不已，如果再失败，海兰察自身恐怕也难保。海兰察率众加固日隆碉卡，令尼珠布、保林防守日隆以南要隘达卫北面，佛津泰、温佑哲驻守达卫南面，乌什哈达驻扎达卫，鄂克什等土兵驻扎在资哩，海兰察亲自坐镇日隆[32]。后来，又发现“日隆之东、北两驿附近亦有要隘，且该两处倘若驻兵，可与达卫、日隆、巴朗拉彼此呼应”[33]，所以又在穆尔占、色布色尔桥、松林口、日隆南北山口等地派兵防御。至此，日隆防御态势稳定下来。
6.建议增派军队和将领。木果木失败的原因，乾隆认为很大程度上是没有派满洲兵所致。他说：“去年春，朕原已派定健锐等营精兵数千备调，因温福、阿桂奏京兵较绿旗兵费几数倍，朕亦为其说所游移，遂尔中止。使温福军营有满洲兵数千余在彼，绿旗兵纵极怯懦，尚有所倚恃，断不至于溃散”[34]，于是“选派健锐、火器营兵各一千，黑龙江、吉林兵各一千，即日分拨起程”[35]。海兰察接奉上谕后，凭着自己对满洲兵的了解，向乾隆请求增派黑龙江呼伦贝尔八旗兵1000名，布特哈索伦、达斡尔兵1000名，并推荐呼伦贝尔佐领奎苏、火器营翼长仁和、头等侍卫敦珠等将领[36]，得到乾隆的许可。
7.安抚其他土司。木果木败后人心思变，许多已经投降的番人转而又投靠大小金川，因此稳定住其他土司也很重要。鄂克什土司色达拉和小金川头人穆塔尔同小金川土司僧格桑关系很不好，先前把守八角碉，丢失以后到了海兰察军营。海兰察向乾隆奏报二人出力情形，并提出提升穆塔尔职衔并赏戴花翎，以令其更加奋勉。七月初三日，梭摩女土司派人向海兰察等请安，表示了努力为清军效力的意愿。海兰察款待其饭食，赏给银两，并缮文回复女土司，嘉赏其报效之心[37]。
但是，也应注意到，在这个过程中，海兰察也存在一些不足甚至错误。
第一是滥杀无辜。木果木之败同降番复叛有密切关系，因此清军在此后一段时期对番人极为敏感，稍有不信任，就会杀掉。阿桂一路尤其明显，屠杀了很多大小金川民众[38]，海兰察也存在这个问题。有10名持有阿桂路票探视其家属的小金川人，因海兰察等怀疑其有叛变可能，将其全部“正法”。这10个人没有任何叛变迹象，只因为他们家乡八角碉番人都叛变，他们也就被杀了[39]。其实完全可以采取扣押等手段，待证明是否叛变后再做处置。
第二是裁汰兵丁时存在简单粗暴的行为。海兰察等决定裁汰兵丁的决策是为了提升战斗力而考虑的，但在具体执行过程中没有能仔细分辨哪些是临阵即溃的，而是将负伤、残病的也一概裁汰了，这部分兵丁交由刘秉恬处理。刘秉恬发觉情形不对，这些伤残兵丁行走尚为困难，绝无可能溃逃，便上奏乾隆。海兰察不得不承认“奴才海兰察等先后所裁之兵，委实伤残者众，为首惊慌溃散者并非彼等，且其中尚有数名立有功绩者”[40]，反映其在工作中没有仔细分辨情况，简单粗暴，牺牲了很多士兵的利益。
第三是面对金川的求和请求，未能作出正确判断。金川虽然取得木果木胜利，但是整体实力依然远在清军之下。土司索诺木十分害怕清军将其剿灭，因此在木果木战役之后提出了求和的请求。他们令一名被俘获的清军士兵带给海兰察一封信件，大意为“彼等土司原本恭顺，因天朝讨伐，曾乞求两年，将军不依，必歼彼等。倘给生路，嗣后定将竭尽效力于大皇帝。大臣等倘有嘱咐之言，我等岂敢不从，请勿听信我邻近土司之言”[41]。应该说，这份求和书是情真意切的。金川军队俘获了一些清军士兵，但为了求和局，没有将他们杀掉[42]。在战争过程中，大小金川土司数次向清军求和，希望天朝放他们一条生路，但清方始终不允许，必欲剿灭而后快。海兰察也认为其“奸诈至极，委实可恶。倘不剿灭，断然不可”，拒绝了金川求和的请求。作为前线主将，面对敌方求和这样重大的举动，应该有正确的判断，并向乾隆建议[43]，或许能有尽早结束这一场“得不偿失的战争”的机会。
海兰察在木果木之败后至阿桂到西路前的所作所为是值得肯定的，体现了较高超的军事指挥素质。这说明海兰察具有独当一面的能力，也从一个侧面反映出温福对他的压制。虽然有一些不足乃至错误，但总体上瑕不掩瑜。正是这段时间海兰察的表现，打动了阿桂，日后虽由参赞大臣降为领队大臣，仍随阿桂出征西路。