菅原道真深受圣宠
然而，菅原道真深受两位天皇，特别是宇多上皇的宠信。但凡宇多上皇出行游宴，菅原道真必定随行侍奉，还不时献上应景而作的诗篇。菅原道真忙于侍驾，自然疏于公务，这就给了反对派攻击的把柄，最终导致了左右大臣相互倾轧的局面。
《大镜》中记载了这样一个故事：
（前略）当时，左大臣藤原时平才二十八九岁，右大臣菅原道真已经五十七八岁。（中略）右大臣（菅原道真）才华横溢，（中略）而左大臣（藤原时平）年纪轻轻，才学尚浅。（中略）
藤原时平有笑癖，遇到好笑的事情，就会笑得停不下来。当藤原时平与菅原道真在政事上有不同意见时，藤原时平会说一些不合逻辑的话。
（中略）菅原道真正在独自为难：“左大臣（藤原时平）的意见实在不太合适，怎么办才好呢？”
一位史官说：“不用担心，我有办法制止这件事。”
菅原道真不相信：“怎么可能呢？你有什么办法？”
史官回答：“您就等着瞧吧！”
到了议事厅，大家正在严肃地讨论政事，这位史官走了进来，用文书夹（当时，下级官员向上级官员送呈文件时，按照礼仪不能直接递）夹着文书，十分恭敬地呈给藤原时平时，非常大声地说：“请。”
藤原时平手一抖，就没取下来，不由得笑了起来，一笑就停不下来，连“今天我不行了，交给你们了”这句话都不能流畅地说完。
于是，最后事情就按菅原道真的想法实施了。
藤原时平与菅原道真的冲突，由此可见一斑。在这种情况下，昌泰三年（900年）正月三日，醍醐天皇及宇多法皇行幸朱雀院，左右大臣随行侍奉。宇多法皇秘密下诏给醍醐天皇：
现左大臣藤原时平与右大臣菅原道真共同执政，时常意见不一，所以还是确定一人执政为好。朕思虑再三，藤原时平虽为昭宣公（藤原基经）嫡子，又是女御（藤原温子）的兄长，但年纪尚轻，才智不及菅原道真。而菅原道真虽然不是出身名门，但他本人德才兼备，适于执政。
于是，醍醐天皇与宇多法皇单独召见菅原道真，对他说：“今后由你一人执政。”
菅原道真大为惶恐，再三请辞。
当时，藤原时平见菅原道真得到醍醐天皇与宇多法皇单独召见，觉得不太对劲，当即就要离席。菅原道真解释道：
（宇多）天皇与（醍醐）上皇单独召见微臣，或许有人觉得奇怪。其实是此前（醍醐）天皇赐臣一诗题，曰《春生柳眼中》。刚才召见微臣，是命臣传令各位，以此题作诗，各自献上诗作。
藤原时平听了之后，才恢复情绪，返回座位继续列席诗宴。
同年，即昌泰三年（900年）五月（《日本纪略》记载为八月，此处以《菅家后集》为准）十六日，菅原道真献上私家集二十八卷。宇多法皇阅览后御制汉诗一首：
见右丞相（菅原道真）献家集
门风自生是儒林，今日文华皆是金。
唯咏一联和气味，况连三代饱清吟。
琢磨寒玉声声丽，裁制余霞句句侵。
更有菅家胜白样，从兹抛却匣尘深。
平生所爱，《白氏文集》七十卷是也。今以菅家集，不又开帙。
可见宇多法皇对菅原道真何其推崇。
此前，宽平四年（892年）时，曾有渤海国使臣裴文籍，见了菅原道真的诗，赞美其诗“有白居易风骨”。因此宇多法皇的御制诗作中就提到了这件事。
于是，菅原道真和诗一首：
奉感见献臣家集之御制，不改韵，兼叙鄙情一首
反哺寒乌自故林，只遗风月不遗金。
且成四七箱中卷，何幸再三陛下吟。
犬马微情叉手表，冰霜御制遍身侵。
恩及父祖无涯岸，谁道秋来海水深。