长保、宽弘大火及神镜烧损
长保元年（999年）五月十四日亥时，修理职起火，蔓延到整个皇宫。以天皇（一条院）为首，后宫上下全都迁幸到一条大宫院。
长保元年（999年）八月十四日，开始重修大内。长保元年（999年）十一月十九日，开始做木工。长保二年（1000年）三月，立柱上栋。长保二年（1000年）十月十一日，天皇（一条院）迁幸新造大内。
长保三年（1001年）十一月十八日亥时，新建大内再次遭遇火灾。于是，天皇（一条院）再次迁幸至一条大宫院。长保四年（1002年）六月九日，开始做木工。长保四年（1002年）七月十九日，立柱上栋。长保五年（1003年）十月八日，天皇（一条院）迁幸新建大内。
次年，即长保六年（1004年），改年号为宽弘。然而，仅仅间隔一年多，宽弘二年（1005年）十一月十五日，新建大内再次起火。《日本纪略》记载：
宽弘二年（1005年）十一月十五日子时，宫中起火，殿上皆烧亡。天皇（一条院）先御中院，次驾腰舆，御职曹司。破坏殊甚，仍御朝所，神镜同烧损。
宽弘二年（1005年）十一月十六日庚辰，因内里烧亡，诸司废务。左近卫少将（藤原）重尹，奉宣旨奉求贤所之间，自灰烬中，奉求出镜二面。
藤原行成（右）
就这样，四五年之间，皇宫三次起火，特别是内侍所神镜被烧一事，实在是一大凶兆。到底是应该新铸一面神镜呢，还是可以继续使用旧神镜呢？明经、明法等各位博士勘察典籍后奏报一条天皇：继续使用旧神镜即可。于是，朝廷派参议右大辨藤原行成前往神宫，呈上天皇（一条院）御笔亲书的叙述神镜烧损缘由的宣旨。
宽弘三年（1006年）二月十五日，新建皇宫开始做木工。宽弘三年（1006年）三月十日，立柱上栋。不过，这一次的大内修在了一条院中。大概是因为之前皇宫的位置数次发生火灾，所以这次干脆改换了皇宫的地址。其中当然也有经济上的原因——朝廷已经无力修建同样壮大规模的宫殿——这就是“坊间大内”[15]的由来。
宽弘三年（1006年）十二月，天皇（一条院）迁入新建大内，世人称之为“一条院皇居”。然而，宽弘六年（1009年）十月五日，一条院皇居发生火灾。《日本纪略》记载：
宽弘六年（1009年）十月五日寅刻，一条院皇居起火，天皇（一条院）暂御织部司，二代（冷泉、圆融两代天皇）御记化为灰烬。
宽弘六年（1009年）十月十九日庚子，午刻，天皇（一条院）自织部司迁幸左大臣（藤原道长）枇杷府邸。酉刻，奉渡贤所。
宽弘六年（1009年）十月二十二日戊刻，东宫（居贞亲王）自丹波守高阶业远（乳父）朝臣宅，迁御故左大臣（源）雅信宅。
这次起火之后的重建相关事宜，诸如开始造宫、立柱上栋等，史书中都没有记载。估计是因为坊间大内的缘故，所以一切从简。由此也能看出，这次重修大内，应该不如之前隆重和正式。
宽弘七年（1010年）十一月二十八日，天皇（一条院）自藤原道长府邸枇杷府迁幸至新建大内。同日，藤原道长向天皇（一条院）进献御马十匹、唐摺本《文选》、文集等。