后朱雀院、关白藤原赖通、长历-长久大火、神镜化为灰烬
皇太弟（后朱雀院）受禅后，于长元九年（1036年）七月十日在大极殿举行即位大典，时年二十八岁。立第一皇子亲仁亲王为皇太子。关白依旧是藤原赖通。当时，藤原赖通膝下没有女儿，于是，便将故关白藤原道隆之女一条院皇后藤原定子所生第一皇子敦康亲王的女儿嫄子女王收为义女，将其名改为藤原嫄子，并送入后宫。藤原嫄子后来成为皇后。
藤原赖通
本来，后朱雀院还是皇太子时，就已经有了女御——三条院皇女祯子内亲王（生母是藤原道长的女儿，中宫藤原妍子）。只因为这位女御不姓藤原，所以藤原赖通才会让藤原嫄子入宫成为皇后。
随后，藤原赖通的弟弟藤原教通也将女儿（藤原生子）送入后宫并成为女御。同时，藤原教通的异母兄藤原赖宗也将女儿藤原延子送入后宫并成为女御。而早在长元七年（1034年），祯子内亲王就已经生下了皇子（尊仁亲王，后三条院），而且颇受宠爱。藤原氏的人，因此而暗暗不快。
藤原赖通义女藤原嫄子在长历（后朱雀院即位后第二年改元）二年（1038年）生下皇女祐子内亲王，长历三年（1039年）又生下皇女禖子内亲王后薨逝。如此一来，藤原赖通想当外戚的梦想就破灭了。后朱雀院为了安抚藤原赖通，特别郑重地举办了藤原嫄子的御菩提法会（葬礼）。次年，即长历四年（1040年），在藤原嫄子忌日那天，后朱雀院又作了一封追思的悼文赐给藤原赖通，还附上了一首御制和歌：
牵牛织女犹相逢，我泣空枕到天明。
可见，当时天皇无力压制权臣，只得百般示好。
长历三年（1039年）六月二十七日，皇宫失火，后朱雀院移驾东北院（后朱雀院生母、藤原道长女儿上东门院藤原彰子建造的佛寺）。当时，神镜被移至上东门院京极府。次年，即长久元年（1040年）九月，京极殿发生火灾，神镜在大火中化为灰烬。于是，朝廷将神镜的灰烬供奉起来，并由后朱雀院御笔亲书圣旨，将其供奉于伊势神宫。
次年，即长久二年（1041年），新建皇宫完工，后朱雀院移驾回宫。然而，第二年（长久三年，即1042年）十二月、第三年（长久四年，即1043年）皇宫内再三发生火灾。于是，后朱雀院先是移驾东北院，后来又移驾东三条院。次年，即长久五年（1044年），改年号为宽德。
当时，后朱雀院御体有恙，于是，宽德二年（1045年）正月十六日退位，尊号太上天皇。随后，后朱雀上皇病重，宽德二年（1045年）正月十八日落饰出家，同日驾崩，时年三十七岁，在位九年。宽德二年（1045年）二月二十一日，葬于高隆寺乾原，谥号后朱雀院。