8.3.1　分析方法

（1）蛋白互作网络构建

我们使用STRING 9.0工具［78］（http：／／www.string-db.org／）对CACNA1C基因和三个ITIHs家族基因对应的蛋白进行蛋白质互作网络（Protein and Protein Interaction，PPI）分析，如图8-18所示。当蛋白质与蛋白质之间的combined＿score大于0.15时，我们认为有相互作用关系，然后使用cytoscape软件对得到的PPI关系对进行网络构建。

图8-18　STRING在线工具展示图

（2）功能富集分析

我们使用DAVID（Database for Annotation，Visualization and Integrated Discovery）在线工具［79］（http：／／david.abcc.ncifcrf.gov／tools.jsp）对得到的蛋白互作网络中的蛋白进行了功能富集分析，具体包括Gene ontology、KEGG pathway、蛋白质功能域等方面的富集分析，见图8-19。DAV ID工具是一种基于超几何分析的方法来鉴定显著性功能。我们选择阈值P＜0.05来界定统计学显著性富集，得到了CACNA1C和ITIHs家族蛋白富集的重要GO，pathway及蛋白质功能域。(https://www.daowen.com)

图8-19　DAVID在线工具页面展示图

（3）文本挖掘分析

利用Perl语言进行文本挖掘，搜索PubMed中富集功能与精神分裂症和抑郁症的相关文献。