二级党组织的全面领导机制与职能定位
二级党组织作为所在部门的政治核心与领导核心，应该坚持对基层工作的全面领导，总揽全局、协调各方，把方向、管大局、作决策、保落实，对不同事务的领导应该遵循不同的功能定位，掌握工作分寸，尊重学术治理，支持行政落实，重视各方监督和民主管理、民主协商，把握团结稳定、协同发展的大局，使各类政策、制度之间减少矛盾，各条线的工作和分工不冲突，各层级的作为形成合力。
二级党组织对基层治理的全面领导机制，可具体划分为主体责任、决定作用、核心作用、促进作用和协调保障作用五个层次的领导职能。
1.对党建工作和把握政治方向履行主体责任
立足打造坚强组织力、把握政治方向，开展好党的建设、全面从严治党工作，落实意识形态工作责任制和师生思想政治工作。关键是主动研判、严格落实、科学评价。
2.对干部队伍和人才队伍建设发挥决定作用
坚持党管干部、党管人才原则，对干部队伍规划、培养、推荐选拔任用、日常教育和管理监督考核以及人才队伍规划、引进培育、政治建设、管理考核等工作进行决策。关键是坚持党委的集体领导和民主集中制，通过党委会讨论提出明确意见并交党政联席会决策。
3.对人才培养方向、改革发展、机构设置、文化建设发挥核心作用
应贯彻执行党的路线方针政策、落实学校党委工作精神，在院系的人才培养理念、事业改革发展、内部机构设置、文化传承创新等方面起到引领方向、引导决策的作用。关键是坚持党委会前置研究、党政联席会讨论决策。
4.对学科平台、教育教学、科学研究等学术事务发挥促进作用
应具备大局意识，支持党政班子成员履行岗位职责，尊重学术事务决策规律，在学科平台建设、教育教学、科学研究等学术事务中发挥推动促进作用。关键是坚持学术会议充分酝酿、党委会前置研究、党政联席会讨论决策和院务会落实执行。
5.对资源配置、福利待遇、职工权益发挥协调保障作用
基层党组织应坚持“三重一大”决策制度，尊重民主管理和民主决策，对各类资源配置、福利待遇、职工权益维护工作，发挥对行政、学术和教职工代表的协调作用，保障各事项顺利推进。关键是坚持教代会制度、党委会前置研究和党政联席会讨论决策。