铁皮石斛适宜采收时间为 11 月至次年 6 月，实行采旧留新的收种方式，采收 20 个月以上生长期的地上部分植株。采收后及时剔除病株，称量，检测多糖、水分等；检测农药、重金属残留等项目，对不符合质量标准的产品应及时处理；铁皮石斛鲜品可置阴凉潮湿处，防冻。鲜品通过除杂、清洗后切段，60℃以下低温烘干，含水量11%。 干品置于通风干燥处，防潮。
