FD发病十分普遍,美国东北部郊区507名社区青少年调查发现,5~10的受调查者具有典型的消化不良症状。西伯利亚青少年消化不良调查表明,女性患病率为27,男性为16。意大利北部校园儿童研究表明3.5存在溃疡样消化不良的表现,3.7存在动力障碍样消化不良,但本研究中未纳入12岁以上的青少年,所以患病率低。一项在儿科消化专科门诊进行的研究表明,4~9岁功能性胃肠病患儿中,13.5被诊断为消化不良,10~18岁中有10.2有消化不良。
在我国此病有逐年上升的趋势,以消化不良为主诉的成人患者约占普通内科门诊的11、占消化专科门诊的53。国内儿科患者中功能性消化不良的发病率尚无规范的统计。