诊断与鉴别诊断
（一）诊断
对于功能性消化不良的诊断，首先应排除器质性消化不良。除了仔细询问病史及全面体检外，应进行以下的器械及实验室检查：①血常规。②粪隐血试验。③上消化道内镜。④肝胆胰超声。⑤肝肾功能。⑥血糖。⑦甲状腺功能。⑧胸部X检查。其中①～④为第一线检查，⑤～⑧为可选择性检查，多数根据第一线检查即可基本确定功能性消化不良的诊断。此外，近年来开展的胃食管24小时pH监测、超声或放射性核素胃排空检查以及胃肠道压力测定等多种胃肠道动力检查手段，在FD的诊断与鉴别诊断上也起到了十分重要的作用。许多原因不明的腹痛、恶心及呕吐患者往往经胃肠道压力检查找到了病因，这些检查也逐渐开始应用于儿科患者。
（二）功能性消化不良通用的诊断标准
1.慢性上腹痛、腹胀、早饱、嗳气、泛酸、胃灼热、恶心、呕吐、喂养困难等上消化道症状，持续至少4周。
2.内镜检查未发现胃和十二指肠溃疡、糜烂和肿瘤等器质性病变，未发现食管炎，也无上述疾病史。
3.实验室、B超及X线检查排除肝、胆、胰疾病。
4.无糖尿病、结缔组织病、肾脏疾病及精神病史。
5.无腹部手术史。
（三）儿童功能性消化不良的罗马Ⅲ诊断标准
必须包括以下所有项：
1.持续或反复发作的上腹部（脐上）疼痛或不适。
2.排便后不能缓解，或症状发作与排便频率或粪便性状的改变无关（即除外肠易激综合征）。
3.无炎症性、解剖学、代谢性或肿瘤性疾病的证据可以解释患儿的症状。
诊断前至少2个月内，症状出现至少每周1次，符合上述标准。
（四）鉴别诊断
1.胃食管反流 胃食管反流性疾病功能性消化不良中的反流亚型与其鉴别困难。胃食管反流性疾病具有典型或不典型反流症状，内镜证实有不同程度的食管炎症改变，24小时食管pH监测有酸反应，无内镜下食管炎表现的患者属于反流样消化不良或胃食管反流性疾病不易确定，但两者在治疗上是相同的。
2.具有溃疡样症状的器质性消化不良 包括：十二指肠溃疡、十二指肠炎、幽门管溃疡、幽门前区溃疡、糜烂性胃窦炎。在诊断功能性消化不良溃疡亚型前，必须进行内镜检查以排除以上器质性病变。
3.胃轻瘫 许多全身性的或消化道疾病均可引起胃排空功能的障碍，造成胃轻瘫。较常见的原因有糖尿病、尿毒症及结缔组织病。在诊断功能性消化不良运动障碍亚型时，应仔细排除其他原因所致的胃轻瘫。
4.慢性难治性腹痛（CIPA） CIPA患者70
为女性，多有身体或心理创伤史。患者常常主诉有长期腹痛（超过6个月），且腹痛弥漫，多伴有腹部以外的症状。大多数患者经过广泛的检查而结果均为阴性。这类患者多数有严重的潜在的心理疾病，包括抑郁、焦虑和躯体形式障碍的紊乱。他们常坚持自己有严重的疾病并要求进一步检查。对这类患者应提供多种方式的心理、行为和药物联合治疗。