对部里下一步工作的建议
1.进行专业调整及学科设置的论证
从行业发展角度出发，对行业内专业学科设置进行论证，提出规划。对四个非营利性科研机构，将根据其本身所具备的专业优势，坚持“有所为、有所不为”的原则，做到突出优势，扶持重点，强化特色，确定其学科设置和发展方向，加强学科交叉，淘汰落后学科，扶植新兴学科，把不断提高水利行业持续创新能力放在突出位置，彻底改变目前科研机构学科重复设置、力量分散的不利局面。
2.批复改革方案
根据这次调研所反映的问题，依据有关政策和最近召开的科技部公益类科研机构管理体制改革工作座谈会的精神，与有关司局一道对各单位的改革方案进行充分研究和论证，并与各单位广泛交换意见，指导各单位修订、完善本单位的改革方案，按程序对各单位的改革方案进行批复，指导实施。
鉴于科技部、中编办要求非营利部分与其他部分必须剥离，而各单位普遍存在的一些如中介服务、科技支撑及工程科研部分既不能纳入非营利部分，也不具备转企的能力，因此，需要部里统筹协调，积极向中编办争取，允许以这部分为基础成立相对独立的事业单位（独立法人），保留原有科学事业费的存量（据了解，相关部门如林业局、气象局也采取了同样的做法）。与非营利部分的关系是业务合作关系，合同管理。在管理体制上，试点期间，可与原单位一体化管理，逐步实现剥离。
改革后四院将根据所从事的业务性质进行“分类指导”，对从事纯社会公益类研究的部分将按非营利机构的要求，纳入科技部管理的国家级非营利性科研单位序列；对具备市场能力的部分，按要求转为科技企业，按现代企业制度运作；对中介服务、科技支撑等既不能纳入非营利机构，也不能转企的部分，将转为水利事业单位。
对反映比较强烈的水科院机电所的改革去向，可考虑转为水利事业单位，以保持其相对完整性。
3.批准发布《非营利性科研机构科学事业费使用管理暂行办法》
为了规范和加强非营利性科研机构科学事业费的使用和管理，使这部分经费真正发挥出其应有的效益，起到应有的作用，有关司局组织制定了《非营利性科研机构科学事业费使用管理暂行办法》，建议尽快发布实施，作为指导非营利性经费使用的依据。(https://www.daowen.com)
4.积极探索新型运行机制
积极探索建立“开放、流动、竞争、协作”的运行机制和新型人事、劳动、分配制度。
积极研究和探索非营利机构理事会决策制、院（所）长负责制、科学技术委员会咨询制和职工代表大会监督制度。尽快研究制定《水利部非营利性科研机构理事会章程》。进一步完善院所长负责制，全面推行人员聘用制。实行按岗定酬、按任务定酬、按业绩定酬的分配制度。允许科研机构自主决定内部分配，拉开收入档次，高薪聘用拔尖人才。
通过上述人事制度、分配制度和运行机制的改革，创造优秀人才脱颖而出的良好环境，加快青年骨干的成长，锻炼和造就一支高水平的科研队伍。转企部分，要按照现代企业制度运行。
5.组建工程技术研究中心
进一步制订、完善《水利部工程技术研究中心组建总体方案》及《管理办法》，按“成熟一个，组建一个”的原则，重点依托四个非营利性科研机构，面向社会，引入竞争机制，分期分批组建部级工程技术研究中心，并积极申报国家工程技术研究中心和国家重点实验室。在研究中心的组建上，不以行政指定的方式，而是要采取申报、评审、组建、验收、挂牌的动态管理程序。
6.加大政府的投入，支持持续创新
加大政府科研经费投入，支持社会公益性科学研究。加强非营利性科研机构基础设施建设和科研条件建设，提高科研仪器和技术装备的现代化水平，加强非营利性科研机构的信息网络建设。建设好国家级和部级工程技术研究中心和重点实验室，建立一批具有国际领先水平的水利科研基地。创造有利于科技创新、科技发展的良好工作环境，加强科技发展的后劲。
对水文所并入南科院的办公用房问题，希望部里加大支持力度，尽快予以解决。