我国临床医学专业学位研究生教育面临的制度困境
长期以来，我国医学院校的临床医学教育实行医学本科教育，授予医学学士学位；1978年，我国开始招收医学研究生，授予医学硕士和博士学位；1988年，试办七年制医学教育；1998年，试行临床医学专业学位教育，授予临床医学硕士和博士专业学位；2001年起，教育部批准北京大学、清华大学等高校试办八年制医学教育。实施临床医学专业学位研究生教育是我国医学教育的一项重大改革，旨在培养适应临床工作需要的应用型人才。但是，临床医学专业学位研究生教育与我国现行的执业医师制度、住院医师规范化培训制度之间却一直存在着矛盾，导致其发展受到很大的限制。
一方面，临床医学专业学位教育和现行《执业医师法》存在冲突，医学研究生进行临床能力训练面临违法行医风险。1999年5月我国正式实施《执业医师法》，规定“未经医师注册取得执业证书，不得从事医师执业活动”。医学生在获得医学学士学位后，必须在临床工作1年才能够参加国家统一举行的执业医师资格考试，获执业医师资格后才有临床处方权。所有医学本科生或尚未取得执业医师资格的临床医学专业学位研究生，由于没有处方权，不可独立处置病人和进行手术，无法独立担任住院医师工作，导致临床医学专业学位研究生的临床能力训练与培养在医院很难进行。
另一方面，临床医学专业学位研究生教育与住院医师规范化培训之间存在矛盾。住院医师规范化培训是医学教育的一个特有阶段，是指医学专业毕业生完成院校教育后，在经认定的培训医院接受以提高临床技能为主的系统、规范的培训的阶段。住院医师规范化培训是医学生成长为合格临床医师的必由之路，对保证临床医师专业水准和医疗服务质量具有重要作用。我国临床医学专业学位研究生在读期间会有1年以上的时间在医院参加临床实践训练，其训练目的、方式等与住院医师规范化培训基本相同。但是由于我国医学教育与住院医师规范化培训由不同的部门主管，缺乏统一协调，导致临床医学研究生临床实践训练与住院医师规范化培训标准不统一，临床医学专业学位研究生接受的临床技能培训得不到住院医师规范化培训部门的认可，研究生毕业后仍然需要按照卫生行业要求重新参加住院医师规范化培训，造成教育与医疗资源的浪费，同时也导致医学院校不同程度地存在着将临床医学专业学位研究生培养等同于医学科学学位研究生培养的做法，偏离了临床医学专业学位设立的初衷。