民国十六年（1927年）3月14日，海军司令杨树庄率领海军官兵归附国民革命军，电令各舰易帜。海军协助北伐军，攻下南京。蒋介石在南京成立国民政府，杨树庄任国民政府委员、海军总司令兼福建省政府主席、军事委员会常务委员、海军特别党部主任委员。设海军总司令行营于福州。海军地位达到顶峰。此期间，虽然各方在闽势力仍旧是“陆强海弱”，但相较过去海军有了更多的发言权。在铸币方面也反映了这一变化。但杨树庄因身体原因于1932年初辞去军职，未几又辞去省长一职，1934年1月病逝于福州。
