一、微生物学检查
牙周炎与多种细菌相关，迄今没有一种细菌被确认为是牙周病的单一致病菌。由于牙周炎微生物不具个性化差异，资料显示多数牙周炎症部位牙周袋内龈下菌斑的细菌种类和比例没有明显差别，且目前牙周炎的临床诊断并不需要微生物依据，因此一般牙周炎患者无须进行微生物学检查。牙周微生物检查多应用于难治性牙周炎或怀疑患牙处于疾病活动期者，或在某种治疗前后进行疗效评价或监测，可以在牙周专科的临床基本检查外同时进行牙周袋内的优势微生物的检测，判定可能的致病机制，指导共性化或可能的个性化的相应的治疗策略。牙周微生物的检测通常使用纸尖收集龈下菌斑，通过细菌培养、涂片检查、免疫分析、细菌酶分析、分子微生物检查方法进行微生物分析。
（一）细菌培养
细菌培养是传统微生物学检测的最基本、最可靠的方法，可以作为微生物学检查的“金标准”。通过对得到的细菌进行菌落和细菌形态学分析、生化检测、细菌代谢产物的分析等，可以检测出优势菌，还可以对获得菌进行抗生素的敏感试验，对指导临床合理用药有重要的参考价值。但细菌培养也有不足之处，一是培养结果受方法的影响，牙周袋内还有多种细菌难以培养获得；二是鉴定过程烦琐，耗时周期长，花费大；三是鉴定方法敏感度不高。
（二）涂片检查
取龈下菌斑细菌在载玻片上涂成薄层，直接在显微镜下观察，从微生物形态学或运动性方面初步了解牙周袋内细菌的组成及各自比例。常用的涂片镜检法有以下两种。
1.暗视野显微镜检查法
暗视野显微镜检查法可根据螺旋体和能动菌的百分比确定疾病的程度及判断疗效。要求自取样到观察在30分钟内完成。
2.刚果红负性染色法
刚果红负性染色法不能观察能动菌，但涂片可保存较长时间供继续观察。涂片方法相对简单快捷，缺点是不能检出特异性致病菌。
（三）免疫分析
免疫分析是利用特异性的单克隆抗体和细菌抗原的结合来鉴定细菌，主要方法有免疫荧光法及酶联免疫吸附试验。免疫荧光法是用荧光或显色物质标记抗体，抗体可与细菌抗原结合形成免疫复合物，通过观察标记物鉴定细菌。该技术敏感性和特异性均较高。酶联免疫吸附试验是将特异性抗体结合到固相载体上，加入待测样本和酶结合物反应后，底物被酶催化变为有色产物，产物的量与样本中受检物质的量直接相关，可根据着色密度对菌斑样本进行定性或定量分析。(https://www.daowen.com)
以上两种技术的敏感性和特异性均较高，检测速度也较快，既可进行定性分析也可进行定量分析。由于每种细菌都有自己特异的表面抗原，因此需要使用特异性抗体以排除交叉反应。
（四）细菌酶分析
Loesche等人检测40多种微生物，发现与牙周炎关系密切的红色复合体，即牙龈卟啉单胞菌（P.gingivalis，Pg）、福赛坦式菌（T.forsythia，Tf）和齿垢密螺旋体（T.denticola，Td）三种致病菌能产生一种胰蛋白酶样酶，可水解人工合成底物苯甲酰精氨酰萘胺（benzoyl-DLarginyl-naphthylamide，BANA），通过检测菌斑样本对BANA的水解，可快速检测这三种菌及其菌量。该技术是在临床上快速筛选可疑致病菌并进行危险度判断的简单方法，缺点是不能区分这三种菌，且为半定量。
（五）分子微生物检查方法
基于DNA的检测技术的发展，最常见的分子微生物检查方法主要有以下两种。
1.聚合酶链反应（polymerase chain reaction，PCR）
PCR是目前敏感性最高的微生物检查法，利用目标细菌某个特定DNA片段的寡聚核苷酸设计特异性的PCR引物，合成PCR产物，对待测的菌斑样本进行PCR反应，从而确定是否有目标微生物存在。随着PCR技术的发展，实时定量PCR技术的出现使PCR能够对微生物、病毒DNA或RNA进行绝对定量分析。缺点是设备较昂贵，而且需要在实验室才能进行。
2.DNA探针（DNA probe）
DNA探针是以病原微生物DNA特异性片段为模板，人工合成的带有放射性或生物素标记的单链DNA片段，通过核酸杂交技术来检测未知细菌的DNA，对样本细菌进行定性及定量检测。其中，棋盘式DNA-DNA杂交法（checkboard DNA-DNA hybridization）可以应用几十种DNA探针同时与多个样本的DNA杂交，利用棋盘式DNA-DNA杂交法可以快速检测多个样本。DNA探针测定技术敏感性和特异性均高，但制备DNA探针的方法较为复杂。