HLA分子的功能
（一）参与抗原的加工提呈
在特异性免疫应答中，HLA分子参与对抗原的加工、处理与提呈过程。外源性抗原肽如细菌、异种蛋白等必须与APC细胞的HLAⅡ类分子结合，形成外源性抗原肽HLAⅡ类分子复合物，表达于细胞表面，才能向CD4+T淋巴细胞提呈抗原信息；内源性抗原肽如病毒、肿瘤抗原等必须与HLAⅠ类分子结合，形成内源性抗原肽-HLAⅠ类分子复合物，表达于细胞表面，才能向CD8+T淋巴细胞提呈抗原信息。
（二）参与T淋巴细胞的限制性识别
TCR在识别抗原肽的同时，还需识别与抗原肽结合的HLA分子，这一现象称为HLA的限制性。靶细胞与CD8+T淋巴细胞之间的相互作用受HLA Ⅰ类分子的限制，即CD8+T淋巴细胞只能识别与HLA Ⅰ类分子结合的抗原肽。APC细胞与CD4+T淋巴细胞之间的相互作用受HLAⅡ类分子的限制，即CD4+T淋巴细胞只能识别与HLAⅡ类分子结合的抗原肽。
（三）参与免疫应答的调节
不同个体的HLA分子谱不同，对特异性抗原应答的程度也不同。如某个体HLA分子的肽结合区与抗原肽的亲和力弱，则该个体对该抗原的刺激呈低应答或不应答状态；反之，则个体对该抗原的刺激呈高应答状态。因此不同的HLA分子谱是个体抗病能力差异的最主要的原因，在群体水平上的这种差异有助于增强物种的适应能力，推动生命的进化。(https://www.daowen.com)
（四）参与T淋巴细胞的分化发育
T淋巴细胞必须在胸腺中经历阳性选择和阴性选择才能发育为成熟的T淋巴细胞，通过阳性选择获得HLA限制性，通过阴性选择获得对自身抗原的耐受性。HLA分子参与了这两种选择过程。
（五）诱导移植排斥反应
在进行同种异体器官移植时，HLA Ⅰ类分子和Ⅱ类分子不符均可诱导迅速而强烈的移植排斥反应，是人类的主要组织相容性抗原。
综上所述，HLA分子最初作为同种异型抗原诱导移植排斥反应而被发现，其实功能远不止于此，它从多个方面参与了机体对特异性免疫应答的调节，新近发现的很多免疫功能相关基因所编码的产物主要参与对固有免疫应答的调控，本章未做详述。