病因与发病机制
病因及发病机制不清，胃肠道运动功能障碍是目前研究较为深入的领域，而导致运动功能障碍的原因及运动功能障碍与功能性消化不良间的关系的解释仍有待研究。与病因可能相关的因素有：
（一）胃及十二指肠运动功能异常
国外应用同位素测定胃排空，胃窦十二指肠测压显示50%的功能性消化不良患者有胃排空延迟，固体排空延迟尤其显著；胃窦运动减弱，但两者间关系不清。国内一项应用B超对胃排空功能的测定也发现48%的患者胃排空延迟，胃窦收缩频率及收缩幅度下降。应用EGG检查发现胃肌电异常，出现胃动过速。小肠运动异常表现为消化间期移行运动复合波（MMC）缺乏，或虽MMC正常，但出现高频高幅收缩的突爆运动。有的学者还发现患者有食管消除能力降低、幽门痉挛、胆道运动失调等。胃、小肠运动异常，胃肠移行时间延迟与功能性消化不良症状间的关系尚需进一步研究。
（二）慢性胃炎和十二指肠炎
较轻的此两种病变并非器质性改变而为一种黏膜老化的表现。当慢性炎症伴有活动性病变尤其有中性粒细胞浸润时出现消化不良症状。有学者认为，糜烂性胃炎和十二指肠炎可能是十二指肠溃疡和药物（如NSAID）损害的表现。
（三）幽门螺杆菌（HP）感染
一项研究显示功能性消化不良患者HP阳性检出率为43%～79%，而对照组为13%～22%。幽门螺杆菌感染可引起胃炎，并可出现胃灼热、嗳气、餐后饱胀及溃疡样症状，这些症状可能是炎性介质活化痛觉神经末梢并引起平滑肌功能失调，抑或为胃酸、胃蛋白酶的作用使H+逆扩散，继发微血管功能失调所致，故认为HP相关性胃炎是功能性消化不良的病理生理因素。然而HP胃炎的出现和严重程度与功能性消化不良的症状、严重程度和自然病程无明显相关性，HP的根除也不能改善消化不良症状，胃排空延迟者HP常阴性又不能证明HP与功能性消化不良之间存在必然的联系。
（四）精神因素
功能性消化不良与性格类型关系不大，中枢神经系统影响胃肠功能，正常健康人急性应激时胃窦和十二指肠运动减弱，间断和持续心理应激使消化间期移行运动复合波减少。精神障碍和应激状态可能与功能性消化不良的发生有关。在部分患者的胃镜检查中发现精神紧张时胃黏膜苍白，幽门前有持续存在的黏膜皱襞，表面可有红斑和糜烂。虽然精神因素与功能性消化不良相关，但尚不能肯定其发病作用。(https://www.daowen.com)
（五）神经体液因素
功能性消化不良患者摄食时胰多肽水平下降，系迷走神经输出支冲动发放异常所致；其他研究显示，血清胃肠激素和其他激素与胃肠运动和消化不良症状相关。
（六）胃酸分泌
实验证明，功能性消化不良患者并无胃酸分泌的增加，BAO与MAO与常人相近，但不排除胃酸在引起消化不良症状中的作用，约50%的研究显示抑酸可缓解消化不良症状，可能系患者胃肠道对酸的敏感性增高。
（七）生活习惯
饮用咖啡，服用对乙酰氨基酚等药物可能与功能性消化不良的发病有关，吸烟、饮酒与功能性消化不良发病的关系未能得到证实。
（八）与肠易激综合征（IBS）的关系
功能性消化不良和肠易激综合征的症状互有交叉，两者间是因果或共存尚未得到证实。