常用的染色方法是苏木精－伊红染色方法，简称H.E染色方法(详细染色技术见第二节)。先用苏木精染细胞核，用自来水冲洗切片上的染液，再用1%盐酸乙醇分色，分色时间凭经验控制。分色后用流水充分洗去余酸。最后用伊红液染细胞质。染色后的切片，因组织内含水而不透明，需再次用乙醇脱水、二甲苯透明。为达到长时间保存目的，在切片标本上滴加树脂，再加一盖玻片，此过程为封片。
