恢复重建阶段（1978年至1992年）
1978年，党的十一届三中全会作出了实行改革开放的重大决策，并率先在农村开启改革进程，也拉开了新时期国家金融体制改革的序幕。
1978年，邓小平同志在各省、自治区和直辖市党委第一书记会议上指出，银行应当抓经济，要把银行作为发展经济的杠杆，“把银行办成真正的银行”。按照党中央要求，1978年人民银行从财政部独立出来，1979年先后恢复了中国人民建设银行、中国农业银行和中国银行，并从人民银行中独立出来，1981年成立了中国投资银行，1984年成立了中国工商银行，初步形成以产业分工为基础的独立的专业银行组织体系。此外，成立了中国国际信托投资公司等非银行业金融机构，一些外资银行也开始在中国设立代办处。银行业形成了以中央银行为领导、专业银行为主体、多种金融机构并存的组织机构体系。1980年，中国人民保险公司基本恢复基层机构，实现了与人民银行的分离。1982年中国人民保险公司恢复办理生猪、棉花等农业保险险种，1986年成立新疆生产建设兵团农牧业保险公司，开办种养殖农业保险业务。1982年，我国开始探索开展商业承兑汇票和银行承兑汇票的贴现业务，1984年北京天桥百货公司在国内率先发行股票，1985年工商银行、农业银行开始发行金融债券，1987年出现有价证券的转让业务，为建立我国证券市场打下了基础。
1983年，《国务院关于中国人民银行专门行使中央银行职能的决定》，明确人民银行的中央银行地位，负责制定实施货币政策并履行金融监管职能。1984年，人民银行实施存款准备金制度，加强利率管理，逐步建立起统一计划、分级管理的信贷管理体制，并允许专业银行实行存贷差额挂钩、多存多贷，1987年人民银行将贷款总规模和货币供应量作为两项控制指标，进一步搞活微观金融活动。此时的人民银行履行对银行业、证券业、保险业及信托业的集中监管职能。这一时期，金融体制改革与城市价格改革、国有企业改革等相融相生。在从计划经济向市场经济转型过程中，一方面专业银行承担了很多政策性业务，再加上现代企业制度缺失，采取多级法人制度，造成银行不良资产比重偏高，资本充足率降低，抗风险能力减弱，经营出现困难；另一方面，人民银行的金融宏观调控机制尚不健全，管理经验不足，对金融市场和金融机构的规范化监管不够，经济运行中的通货膨胀和市场疲软现象交替出现。
在农村金融改革方面，中国农业银行于1979年恢复设置后，迅速在基层建立营业机构，并实现了与县级人民银行的分离，1980年底，农业银行县级支行达到2200多个，各级分行和营业所近2.6万个。按照《国务院关于恢复中国农业银行的通知》，“农村信用合作社是集体所有制的金融组织，又是农业银行的基层机构”，农业银行在加强基层机构建设的同时，开始对全国5.9万个农村信用社进行整顿，履行管理职责。1980年中央财经领导小组在讨论银行工作时提出，“把信用社下放给公社办不对，搞成官办的也不对，这都不是把信用社办成真正集体的金融组织”。1984年中央一号文件提出，要把信用社“真正办成群众性的合作金融组织”。按照去官办、恢复合作经济性质的思路，农业银行逐步推动信用社管理体制改革，着重恢复信用社合作金融性质，加强民主管理。此时的农业银行和信用社在全国的营业机构超过8.5万个，成为我国农村金融服务的主要力量。这一时期，农村信用社虽然可以自主开展业务，但基本是按银行规定发放贷款，亏损由银行补贴，信用社作为农业银行基层机构的性质没有改变，恢复信用社合作性质没有取得实质性进展。(https://www.daowen.com)
在恢复农业银行、农村信用社的同时，农村合作基金会作为一种新的农村资金互助形式逐步发展。20世纪80年代，生产大队、生产队改为村集体经济组织后，为弥补农民生产融资难，一些地方探索成立农村合作基金会。1987年，在中共中央、国务院出台的农村改革文件中，明确提出进行农村金融服务改革，允许发展多样化的资金融通方式。文件认为，一部分乡、村合作经济组织建立了合作基金会，有利于集中社会闲散资金，缓和农业银行、信用社资金供应不足的矛盾，原则上应当予以肯定和支持。此后，农村合作基金会在全国迅速发展。1991年，原国家农业部制定了《关于加强农村合作基金会规范化制度化建设若干问题的通知》，明确农村合作基金会由乡村集体经济组织及成员按照自愿互利、有偿使用的原则成立，通过对本集体的资金融通、调剂余缺，支持本乡村范围内农户和企业发展生产，基金会不对外吸收存款和发放贷款。
20世纪90年代中期，一些农村合作基金会在发展方向上出现偏差，有的在管理集体资金的同时吸收农户存款和社会闲散资金，有的发行内部股票，有一部分农村合作基金会成为县乡政府的“小金库”，跨区域调动资金，一部分贷款投向了非农业领域，再加上亚洲金融危机对整个宏观金融形势的影响，一些基金会的风险逐渐显露，农村合作基金会的发展方向受到争议。
1996年，《国务院关于农村金融体制改革的决定》指出，“目前相当一部分农村合作基金会以招股名义高息吸收存款，入股人不参加基金会管理，不承担亏损；基金会将筹集资金用于发放贷款，违反金融法规经营金融业务，隐藏着很大的风险”。1997年，中共中央、国务院关于深化金融改革，整顿金融秩序，防范金融风险的通知对清理整顿农村合作基金会作出规定，一方面明确不再新设农村合作基金会，另一方面规定现有基金会立即停办存贷业务，全面清产核资，经营良好、符合条件的并入信用社，资不抵债的全部清盘关闭。
农村合作基金会的发展历史，“其兴也勃焉，其亡也忽焉”，有经验也有教训。农村合作基金会在农村快速发展的实践表明，农村合作金融接地气，在直接满足农户的生产经营资金需求，提供便捷、高效的农村金融方面具有优势，受农民欢迎，发展农民合作金融的方向是正确的。存在的主要问题是对合作基金会的监管滞后，农业部门缺乏管理金融业务的经验和人才，金融监管部门在初始阶段没有介入监管，出现问题后“一刀切”，这是值得认真总结的。农村合作金融的健康发展是建立在强化监管基础上的，需要以金融监管部门为主，农业农村部门为辅，合力监管。这一条，对于今后指导农村合作金融发展至关重要。