改革攻坚阶段（2003年以后）
2003年，党的十六届三中全会通过了《中共中央关于完善社会主义市场经济体制若干问题的决定》，明确将深化金融企业改革、健全金融调控机制、完善金融监管体制作为金融改革的主要任务，并提出“探索建立政策性农业保险制度”。在金融企业改革方面，2004年成立中央汇金公司，通过购买增发股份方式，剥离国有银行不良资产，充实资本金，加快了国有商业银行股份制改造进程。2004年，中国银行、中国建设银行率先实施股份制改造，2005年工商银行完成股份制改造，2009年农业银行完成股份制改造，至此我国国有商业银行股份制改造基本完成。之后，商业银行又经历了在A、H股上市，资产总规模不断增长，商业银行体系和服务能力不断壮大。2013年国务院制定了《关于金融支持经济结构调整和转型升级的指导意见》，明确提出允许民间资本发起设立民营银行，2014年中国银监会批准了三家民营银行的筹建申请。在健全金融调控机制方面，2007年美国次贷危机引发国际金融危机，为应对金融危机冲击，2008年国务院办公厅出台了《国务院办公厅关于当前金融促进经济发展的若干意见》，对金融调控措施进行针对性调整。这一时期，中国人民银行灵活运用公开市场操作、利率、存款准备金率等货币政策工具，促进货币信贷稳定增长，同时应对商业银行信贷扩张动力，把信贷总量增加与优化信贷结构结合起来，把信贷投放与经济结构转型结合起来，引导银行将更多新增信贷资源投向“三农”和中小企业，不断增强金融服务实体经济的能力，防止金融机构脱实向虚。在金融监管方面，为应对金融控股集团和金融混业经营的发展，2013年建立起由中国人民银行牵头，银监会、证监会、保监会等部门共同参与的金融监管协调部际联席会议制度，强化对跨行业、跨市场金融活动的监督管理，加强对影子银行和互联网金融监管，促进新兴金融业态规范化发展。
这一时期，党中央、国务院将农村金融作为金融工作的重点，推动解决农村金融领域的重点难点问题。2008年，党的十七届三中全会确立了建立现代农村金融制度的目标，提出要“加快建立商业性金融、合作性金融、政策性金融相结合，资本充足、功能健全、服务完善、运行安全的农村金融体系”。按照十七届三中全会精神，全国人大农业与农村委员会自2008年起先后协调推动广西壮族自治区田东县、安徽省金寨县开展农村金融综合改革试点，为进一步深化农村金融改革积累了可复制、易推广的经验。在2016年的中央扶贫工作会议和老区工作座谈会上，习近平总书记两次对田东县的金融改革特别是金融扶贫给予肯定。
这一时期，农村金融改革取得了显著成效：
一是传统金融机构稳健发展。2003年，国务院出台了《深化农村信用社改革试点方案》，启动了新一轮信用社改革，改革的重点是产权制度和管理体制，目标是稳定县域法人机构，积极稳妥改制为农村商业银行。为化解历史包袱，中央政府通过财政补贴、税收减免、专项票据置换等方式，安排2690亿元处置不良资产，到2012年，全国农村信用社资本充足率达到11.8%，不良贷款率下降到4.5%。在清产核资基础上，各地根据信用社实际情况分类实施多元化的产权制度改革，符合条件的农村信用社逐步改制为股份制农村商业银行或股份合作制农村合作银行，并成立省级联社履行协调服务职能，信用社管理权限划归给省级政府。农信社、农商行、农合行全国营业网点数量超过7.8万个，组建农商行1351家（2017年）。
在深化农村信用社改革的同时，2007年，包括农业银行在内的商业银行逐步回归农村金融市场，在县及县以下增设机构网点，全国乡镇金融机构覆盖率和全国村级基础金融服务覆盖率均为96%，其中农业银行在全国设有各类机构网点2.36万个，基层营业机构1.97万个（2017年）。2007年，中国邮政储蓄银行成立，通过在农村地区开展以小额贷款为主的微贷业务，在一定程度上推动资金回流农业农村，2016年邮储银行设立三农金融事业部，在邮储银行的4万个机构网点中，有2.8万个分布在县及县以下地区。2009年，中国农业银行开始“三农金融事业部”改革试点，探索服务农业农村的商业化运作模式。2015年，国务院批复同意农业发展银行深化改革方案，明确以开展政策性业务为主的改革方向，对政策性和自营性业务实施分账管理、分类核算，农发行设有营业网点2017个，其中县级支行有1677个。2016年，农发行和国开行分别设立了扶贫金融事业部。2017年，五家大型银行总行设立了普惠金融事业部。
二是放宽新型农村金融机构准入条件。2006年，为弥补传统金融机构农村金融服务的供给不足，推动建立适度竞争的农村金融市场，国家逐步放宽农村地区银行业机构的准入条件，允许产业资金和民间资本在农村地区参与新设银行，开办村镇银行、农村资金互助社、贷款公司等新型农村金融组织。在农村合作金融方面，出现了农村资金互助社、贫困村资金互助组织、农民专业合作社内部信用合作等合作金融组织形式。
这一阶段，全国成立村镇银行1601家，经银监部门批准设立的农村资金互助社48家，有1112个县的2.3万个村开展了贫困村资金互助试点，2159家农民专业合作社开展了内部信用合作、资金互助试点，全国供销合作社系统领办的502家合作社开展资金互助试点。此外，还批准设立了14家贷款公司、44家金融租赁公司、190家内资融资租赁试点企业、8879家小额贷款公司以及7340家融资担保机构等（2007年）。(https://www.daowen.com)
三是政策性农业保险较快增长。2007年，中央财政首次对农业保险给予保费补贴，给予税收优惠政策。2012年国务院颁布了农业保险条例，明确了政策性农业保险的发展方向。在财税政策的支持下，政策性农业保险快速发展，覆盖面不断扩大，保险险种不断丰富。我国共有中资保险集团公司、财产险保险公司、人身险保险公司、再保险公司等各类保险业金融机构126家，县级支公司2.39万个，其中经营政策性农业保险的机构30多家，多数省份有3家以上的农业保险经办机构，全国有农业保险基层服务网点40万个，乡镇服务人员近50万人，乡镇覆盖率达到95%。全国共备案农业保险产品1714个，涉及216类农产品，为1.95亿户次农户提供风险保障金额3.46万亿元（2018年）。
四是农村金融扶持政策手段增多。2008年，国家开始实施涉农贷款增量奖励政策和定向费用补贴政策，对特定农村金融机构或特定农村金融业务实施税收优惠政策，人民银行通过实施差别化货币政策，金融监管部门通过设立市场准入“绿色通道”、免征金融监管费，进一步增加金融机构支农服务能力。
五是农村金融监管制度不断完善。2007年，中国人民银行实施了涉农贷款专项统计制度，2010年出台了《关于鼓励县域法人金融机构将新增存款一定比例用于当地贷款的考核办法（试行）》，为监测和引导涉农贷款投放打下基础。监管部门建立起“事前有承诺、事中有监测、事后有考核”的农村金融监管制度，严格防范农村金融风险，同时实施差别化监管政策，调动金融机构支农服务积极性。
六是农村金融环境逐步改善。2009年，国家启动偏远地区金融机构空白乡镇金融全覆盖工作，累计解决1249个乡镇的金融机构空白和708个乡镇的金融服务空白问题。中国人民银行积极推动农村信用体系、农村地区支付清算体系建设，改善农村信用环境和支持环境。金融机构不断创新农村金融产品和服务，涉农企业直接融资水平有所提高，农村金融服务满意度有一定的提升。
农村金融改革发展的历程表明：发展农村金融服务，既要发挥市场对金融资源配置的基础性作用，又要加强政府的宏观调控和政策扶持，弥补农村金融服务的天然缺陷和制度缺陷；农村金融服务，单靠传统正规金融一条腿走路是走不远的，必须发育多元化的金融服务主体，构建多层次、多形式、功能互补、有序竞争的农村普惠金融体系；解决农村金融服务问题，需要加强顶层制度设计。
有观点认为，农村金融服务是“世界性难题”。从农村金融服务的特殊性与资本的逐利性背离，“雪中送炭”与“锦上添花”在市场环境中难以共生的角度看，农村金融服务确是“难题”。然而，国外已有破解“世界性难题”的先例，再加上我国的制度优势，农村金融服务不应因“世界性难题”而放松改革和制度建设的努力。