深化改革阶段（1993年至2003年）
1993年，党的十四届三中全会《中共中央关于建立社会主义市场经济体制若干问题的决定》提出，“加快金融体制改革”，“建立政策性银行，实行政策性业务与商业性业务分离”，“现有的专业银行要逐步转变为商业银行，并根据需要有步骤地组建农村合作银行和城市合作银行”。同年，国务院出台了《国务院关于金融体制改革的决定》，对完善中央银行宏观调控体系、组建政策性银行、建立现代商业银行经营机制、健全金融法律法规、强化金融监管等改革任务，提出了明确要求并作出具体部署。按照市场化方向，我国金融体制改革进入深化改革阶段。
建立健全金融法律法规体系，完善金融监管体制，是这一阶段金融改革的重要内容。1995年，全国人大及其常委会先后制定了中国人民银行法、商业银行法、票据法、保险法、担保法，1998年制定了证券法，2001年制定了信托法，2003年制定了银行业监管法、证券投资基金法，构建起我国支架性金融法律制度，为深化改革提供了坚实的法制保障。
1997年亚洲金融危机爆发，党中央召开第一次全国金融工作会议，针对金融深化改革中的问题，提出要完善中央银行调控机制、规范金融市场秩序、强化风险防范。1998年中国人民银行开始对商业银行实行资产负债比例管理，取消了贷款规模限制，实行计划指导、自求平衡的信贷管理体制，存款准备金、再贷款、利率、公开市场操作成为人民银行主要货币政策工具。这一时期，我国金融机构类型不断丰富，市场化改革取得重大进展。1994年，国家先后成立了中国进出口银行、国家开发银行和中国农业发展银行，办理由原来专业银行承办的政策性业务。在剥离专业银行政策性业务的同时，国家推动专业银行逐步向商业银行转变，逐步建立以市场为导向的现代金融制度，并批准设立了交通银行、中信实业银行、招商银行等多家股份制商业银行以及区域性城市商业银行，同时允许在一些城市设立营业性外资金融机构，商业银行体系进一步发展。为实现专业银行转变为商业银行，提高资本充足率，恢复贷款能力，90年代中期国有商业银行实行了全国统一法人改造，中农工建四大国有商业银行逐步上收分支行权利；1999年财政部分别出资100亿元成立了四大资产管理公司，先后剥离商业银行的不良资产1.4万亿元，使四大国有商业银行的资本充足率接近《巴塞尔协议》要求。
在保险业方面，90年代初中国人民银行要求保险业务与银行业实行分业经营、分业管理，1991年设立了太平洋保险公司，1996年国务院批准中国人民保险公司改制为中国人民保险集团公司，1998年中国人民保险集团公司被拆分为中国人民保险公司、中国人寿保险公司和中国再保险公司，之后又批准设立了新华等多家股份制保险公司，到1999年，全国已有28家各类保险业金融机构。这一时期，农业保险采取商业化经营模式，农民缴费能力普遍较低，保险公司亏损严重，农业保险规模萎缩，发展徘徊不前。(https://www.daowen.com)
在资本市场方面，1990年上海证券交易所成立，1991年深圳证券交易所成立，资本市场进入规范化管理阶段。
在监管体制方面，为适应银行、保险、证券分业经营，按照有关法律和中央金融体制改革的决定，先后于1992年成立了中国证监会、1998年成立了中国保监会、2003年成立了中国银监会，我国的金融监管体制实现了由人民银行集中监管向“一行三会”分业监管的转变（2018年中国银监会与中国保监会合并为中国银保监会）。
为推动农村金融改革，1996年国务院出台了《国务院关于农村金融体制改革的决定》，提出改革农村信用社管理体制、建立农村合作银行、办好农业银行、增设中国农业发展银行分支机构、完善各类农业保险机构等改革任务。这一时期，我国农业政策性银行快速发展。1994年中国农业发展银行设立后，迅速在全国建立组织机构体系，支农服务以粮棉油购销储贷款等政策指令性业务为主，辅之以农业农村基础设施建设贷款等政策性业务和农业产业化贷款等自营性业务。作为政策性银行，农业发展银行采取“政府主导、实体承贷、财政资金与政策性信贷资金合力支农”的运作模式，对农业贷款项目实行优惠利率，让利于“三农”，成为金融支农服务的重要一极。这一时期，农村信用社成为金融支农主力军。为应对亚洲金融危机，1997年的中央金融工作会议要求“各国有商业银行收缩县及县以下机构”，1998年至2002年，四大国有商业银行累计撤并了3.1万个县及县以下机构或网点，随着法人治理和上收分行权利，国有商业银行将服务重点放在了城市，为农信社的快速发展提供了契机。1996年，农村信用社脱离中国农业银行管理，凭借机构网点优势逐步发展成为农村金融服务的主力军。截至2002年底，全国建立市县法人农村信用社2453家，机构网点超过5万个，农业贷款余额5579亿元、农户贷款余额4219亿元，农业贷款占同期全国农业贷款投放总量的81%。这一时期，国务院对农村信用社改革的要求是恢复合作性，同时“在城乡一体化程度较高的地区，已经商业化经营的农村信用社，经整顿后可合并组建成农村合作银行”，但到2002年全国尚未出现改制为农村合作银行的信用社。农村信用社改革基本沿袭了农业银行管理时期的经营模式，既没有恢复合作制发展方向，又没有真正实现商业化转型。由于法人治理结构不完善、历史包袱沉重，到2002年底，全国农村信用社的不良贷款比例高达37%，资本充足率为－9%。