法律实施中的问题
（一）农产品质量安全监管基础薄弱
长期以来，我国农业农村经济的工作着力点主要放在保证农产品数量上，对质量安全的关注度不够。从生产环节看，我国有2亿多农户，户均耕地只有7亩多，有2600多万生猪小散养殖户。在今后相当一个时期，一家一户的小农生产仍是我国农业生产的主要形式。生产经营主体小而分散，组织化程度低，农业投入品使用不规范，农产品分级和包装技术水平低，制约了农产品的标准化生产和追溯管理，制约了农产品质量安全水平的提升，也增加了监管难度。
从流通环节看，我国农产品加工、冷链运输、储藏等技术水平低，冷链运输能力不足，果蔬、肉类、水产品的流通腐损率分别达到25%—30%、12%、15%；我国农产品流通格局是“买全国、卖全国”的，活鸡、活猪、活鱼等长途贩运、现宰现吃，运输途中非法添加、疫病传播频发，加大农产品质量安全风险；农贸市场仍是农产品主要销售场所，散装农产品标签不规范、进销台账不规范不齐全普遍，对流动摊贩缺乏有效监管。
农产品质量安全涉及从农田到餐桌等诸多环节，监管权限分散在农业、商务、环保、卫生、市场监管等多个部门，存在监管漏洞。
（二）农产品产地环境污染形势严峻
农产品质量安全法第十八条规定，禁止违反法律、法规的规定向农产品产地排放或者倾倒废水、废气、固体废物和其他有毒有害物质。现在一些地方对农产品生产环境安全把关不严。一方面，一些重金属矿区周边耕地内源性重金属污染问题突出。另一方面，工业“三废”和城市生活垃圾等外源污染仍向农业农村扩散，加剧了土壤污染。具体受污染耕地的分布和面积底数不清，导致对受污染耕地安全利用、严格管控和治理修复任务难以分解和落地。部分城市排污口设置不合法、污水管网不配套、雨污分流不到位、污水处理能力不足等现象普遍，严重影响周边农用地质量。在一些地方，农业面源污染和污灌区土壤污染也比较严重。
（三）农业投入品使用管理不规范
农产品质量安全法第十九条规定，农产品生产者应当合理使用化肥、农药、兽药、农用薄膜等化工产品，防止对农产品产地造成污染。第二十五条规定，农业生产者应严格执行农业投入品使用安全间隔期或者休药期，防止危害农产品质量安全。第三十三条规定，含有违禁药物成分或农兽药残留超标的农产品禁止销售。投入品的质量安全及科学使用是农产品质量安全监管的难点问题，法律规定很难落实到位，存在诸多安全隐患。
（四）落实检验检测和认证制度未完全到位(https://www.daowen.com)
检验检测机构数量众多，分属农业农村、市场监管、卫生、商务等部门，缺乏统一的发展规划，低水平重复建设情况比较普遍。特别是对一些大中城市的鲜活农产品批发市场监管不到位，一些市县级的检验检测能力相对落后，还有一些县级检测机构因经费不足而无法运行。基层监管人员不足、工作经费不够、监管能力不强、基础设施条件差、检测设备配备数量少、检测人员专业素质低等问题普遍存在，而且越到基层越突出，约四分之一的县尚未建立监管机构，农产品生产大县大多缺乏农产品质量安全执法经费。乡镇一级的监管大部分是在农业农村经济服务中心加挂牌子，没有专职人员编制，有的镇（街）监管机构甚至只有1名兼职人员。一些省份村级没有农产品质量安全协管员，监管“最后一公里”问题没有解决。
农产品质量安全法第三十二条规定，生产者可以申请使用农产品质量安全标志。但认证体系多头管理、多重标准、重复认证、重复收费的问题没有解决，目前有机食品的认证机构有70多家，部分认证机构存在违规行为。农产品质量安全追溯体系总体上处于起步阶段，整体水平不高，在推进过程中存在着监管部门缺乏协调配合、追溯信息平台衔接不够、信息不能共享、生产经营主体参与意愿不高、消费者追溯习惯尚未形成等问题。
（五）农产品质量安全标准体系亟待完善
农产品质量安全法规定，国家建立健全农产品质量安全标准体系，并明确农产品质量安全标准是强制性技术规范。我国农业标准体系与建立最严谨的标准、与农业高质量发展和绿色发展的要求相比，还有一定差距，仍有近百种农药、几十种兽药未制定残留限量标准，四分之三以上农药在农产品中的残留监管缺乏统一标准。
（六）主体责任亟待落实
农产品质量安全法第三条、第四条、第五条对各级政府及其有关部门的监管职责作出了规定，但一些政府及其部门对农产品质量安全重视不够，存在重视产业忽视产品，重视数量忽视质量，重视保供给忽视保安全的倾向。一些农产品质量安全问题不是由政府部门在监管中发现，而是由媒体曝光后，或者发生安全事件后才进行查处。
生产经营者的主体责任落实也不到位。农产品质量安全法的第二十四条、第二十五条、第二十六条、第二十八条、第三十七条对生产经营者的主体责任作出了明确规定，但仍有部分生产经营者对法律法规存在了解不深、认识模糊的情况，生产经营者的法制意识特别是主体责任意识淡漠。少数生产经营者受经济利益驱动，制假售假、掺杂使假、违规添加使用有毒有害物质等行为屡禁不止。一些生产经营者没有建立健全内部质量安全管理制度，生产、用药、销售、投入品出入库等记录缺乏或不规范，出现问题后溯源困难。
另外，农产品质量安全法已实施12年，有些条款已不适应当前农产品质量安全监管形势，一些法律条文的操作性不强，法律责任存在处罚过轻、违法成本过低等问题。食用农产品质量安全分段监管，以及农产品质量安全法与食品安全法并行，形成食用农产品在产地准出和市场准入过程中的产品属性发生转变，容易形成监管真空。农产品质量安全法和食品安全法对食用农产品监管要求存在不一致情况，实践中出现两法混用、择法而用的现象。