样点设置应充分考虑水环境控制单元，在各控制单元的控制断面附近至少设置一个采样点。
①河流上、中、下游分别采样，湖、库中心处、水流进出口处分别采样。
②河流交汇处、湖湾、库湾、急流、浅滩、深潭、河口以及河漫滩等不同生境应当采样；重要经济鱼类或珍稀种类的索饵、洄游及产卵场，省级以上自然保护区、风景名胜区、自然遗产地等重要栖息地应当采样；岸线固化、挖沙等发生地点应增设采样点。
