引发手足口病的肠道病毒有20多种，以肠道病毒71型（EV71）及柯萨奇病毒A组16型（CA16）最为常见，其中EV71是重症手足口病的主要病原体。近年来，CA6和CA10在我国及多个其他国家和地区引起手足口病流行。不同类别的肠道病毒感染后不能提供交叉免疫保护，因此机体可重复感染。
