水中微生物绝大多数是天然的，对人体无致病作用，但若水体受人畜粪便、垃圾等污染，可使水体带有大量病原微生物和寄生虫，接触或使用未经消毒或消毒不彻底的水源，可导致介水传染病和寄生虫病的发生，如伤寒、霍乱、痢疾、甲型肝炎、阿米巴痢疾等。
1988年1～4月，在我国的上海市发生甲型肝炎流行，患者达35万人，死亡31人。此次甲型肝炎的大流行是由于生食江苏启东地区所产毛蚶引起的，而当地养殖毛蚶的水体受到甲型肝炎病毒的严重污染。
