柯琴的主要学术思想
柯氏在《伤寒论翼·自序》中说：“世之补《伤寒》者百余家，究其所作，不出二义：一则因论本文为之注疏，犹公、谷说《春秋》也；一则引仲景之文而为立论，犹韩婴说《诗》而为《外传》也。然引征者固不得断章取义之理，而注疏者反多以辞害义之文。”柯氏对前辈研究注疏《伤寒论》者的严厉批评，乍一看还以为他是说大话。当读完《伤寒来苏集》全书以后，就能发现柯氏对王叔和、许叔微、林亿、成无己、方有执、程郊倩、喻嘉言、卢子由诸家的批判，都是持之有故，言之成理，中肯公允，以理服人。现将他对《伤寒论》研究的主要学术思想分述于后。
1.以证名篇，重新编次 柯氏认为《伤寒论》一传，自叔和编次后，章次混淆，仲景原篇已不可复见，但仔细寻绎，还能窥见仲景面目。后经方中行、喻嘉言各凭己见更订，就大背仲景之旨了。他立志重编，因思仲景有太阳证、桂枝证、柴胡证等语，于是以证名篇，汇集六经诸论，各以类从，再益以注释，集成一帙，名曰《伤寒论注》。经过这样一番改编后，柯氏实事求是地说：“虽非仲景编次，或不失仲景心法耳。”可见柯氏和持错简论者的态度不同，他比较客观，不把主观意识强加给古人。
这种以证分类的方法，使全书脉络分明，前后联系紧密。柯氏在凡例中说：“起手先立总纲一篇，令人开卷便知伤寒家脉证得失之大局矣。每经各立总纲一篇，读此便知本经之脉证大略矣。每篇各标一证为题，看题便知此方之脉证治法矣。”又说：“是编以证为主，汇集六经诸论，各以类从。其证是某经所重者，分列某经，如桂枝、麻黄等证列太阳，栀子、承气等证列阳明之类。其有变证化方，如从桂枝证更变加减者，即附桂枝证后，从麻黄证更变加减者，即附麻黄证后。”这样的编次，纲举目张，条理井然，《伤寒论》面目从此一新。
2.医不执方，辨证施治 柯氏认为辨证施治是贯穿《伤寒论》全书的指导思想，是张仲景制方立法的依据。他在《论翼》卷下制方大法中说：“凡病有名有症，有机有情……因名立方者，粗工也，据证定方者，中工也；于证中审病机察病情者，良工也。仲景制方，不拘病之命名，惟求证之切当，知其机得其情，凡中风伤寒杂病，宜主某方，随手拈来，无不活法，此谓医不执方也。”他又说：“仲景立方精而不杂……六经各有主治之方，而他经有互相通用之妙。如麻、桂二汤为太阳营卫设，而阳明之病在营卫者亦用之。真武汤为少阴水气设，而太阳之汗后亡阳者亦用之。四逆汤为六阴下利清谷设，太阳之脉反沉者宜之。五苓散为太阳消渴水逆设，阳明之饮水多者亦宜之。猪苓汤为少阴下利设，阳明病小便不利者亦宜之。抵当汤为太阳瘀血在里设，阳明之蓄血亦用之。瓜蒂散为阳明胸中痞硬设，少阴之温温欲吐者亦用之。合是证便用是方，方各有经，而用可不拘，是仲景法也。仲景立方，只有表里、寒热、虚实之不同，并无伤寒、中风、杂症之分别；且风寒有两汤迭用之妙，表里有二方更用之奇。或以全方取胜，或以加减奏功。后人论方不论症，故反以仲景方为难用耳。”他驳斥三纲鼎立之谬，力主因证立方之论，为后世辨证施治开辟出一条广阔的道路。
3.伤寒六经为百病立法 自王叔和把伤寒、杂病分为二书，后人遂误认六经只是为伤寒一病而设，而与他病无关。柯氏认为王叔和虽于本论中削去杂病，然论中杂病留而未去者尚多，虽有《伤寒论》之专名，但终不失伤寒杂病合论之根蒂。而后人不识此，以为叔和的《伤寒论序例》就是仲景的本旨，于是以讹传讹，逐渐引入歧路。历代注家多持“以《伤寒》论外感，《金匮》治杂病”的观点，视《伤寒论》为阐述外感热病辨证论治的专著。而柯氏却独具慧眼，一反前人之论，终于使《伤寒论》的真谛、《经》旨得到彰明，使《伤寒论》所确立的辨证论治方法得到推广。柯氏在《伤寒论翼·自序》中说：“原夫仲景之六经，为百病立法，不专为伤寒一科。伤寒、杂病治无二理，咸归六经之节制。”又在《伤寒论翼·全论大法》中说：“按仲景自序言作《伤寒杂病论》合十六卷，则伤寒杂病未尝分两书也。凡条中不冠伤寒者，即与杂病同义。如太阳之头项强痛，阳明之胃实，少阳之口苦、咽干、目眩，太阴之腹满吐利，少阴之欲寐，厥阴之消渴、气上撞心等症，是六经之为病，不是六经之伤寒，乃是六经分司诸病之提纲，非专为伤寒一症立法也。”从《伤寒论》所论述的病证来看，或为外感，或为杂病，或参差互见，错综复杂，确非伤寒一证所专有。《伤寒论》中“急则治标，缓则治本，邪正兼施，驱邪扶正，审别阴阳，脉症合参”等治疗原则，同样也都适用于杂病。再看伤寒方药作用，也是多方面的。柯氏在《伤寒附翼·桂枝汤》下说：“愚常以此汤治自汗、盗汗、虚疟、虚痢，随手而愈。因知仲景方可通治百病，与后人分门证类，使无下手处者，可同年而语耶？”可见《伤寒论》的方药，并不是一方只治一证，也不是一药仅治一病。
从脏腑经络病机来探讨，伤寒与杂病亦有许多相同的地方，例如病在阳明胃者多属实证、热证，病在太阴脾者多属虚证、寒证。故柯氏在《伤寒论翼·全论大法》中说：“盖伤寒之外皆杂病，病名多端，不可以数计，故立六经而分司之；伤寒之中最多杂病，内外夹杂，虚实互呈，故将伤寒杂病而合参之。”总之，柯氏认为《伤寒论》并不是单单研究伤寒病的，而是“能令百病兼赅于六经”，即包括杂病在内的辨证施治方书。《伤寒论》的六经分证，同样也是概括杂病在内的分证方法。(https://www.daowen.com)
4.柯氏为伤寒六经正义 《伤寒论》六经是张仲景根据《素问·热论》六经分证的基本理论，创造性地把外感疾病错综复杂的证候及其演变加以总结，提出了一个较为完整的六经辨证体系。因此，《伤寒论》的六经既是辨证的纲领，也是论治的准则。
自王叔和引用《素问·热论》之文著成《序例》，冠于仲景《伤寒论》之首，遂使伤寒六经的辨证意义蒙上了一层尘垢，不为后人所了解。为此，柯氏撰著《六经正义》，以正叔和之失。他说：“夫一身之病，俱受六经范围者，犹《周礼》分六官而百职举，司天分六气而万物成耳。伤寒不过是六经中一症，叔和不知仲景之六经，是经界之经，而非经络之经，妄引《内经·热病论》（按当作《热论》）作《序例》，以冠仲景之书，而混其六经之症治。六经之理因不明，而仲景平脉辨证能尽愈诸病之权衡废矣。”（《伤寒论翼·六经正义》）柯氏能识别《伤寒论》六经与《内经》六经的不同，认为前者是经界之经，后者是经络之经，这正是他高出前人的地方。因此他把人体划分为“腰以上为三阳地面”，“腰以下为三阴地面”，分属六经，创立经界学说，阐明仲景六经不能以经络来概括。柯氏所创六经分区之说，不落前人窠臼，可谓有识之士。他为伤寒六经正义，补偏救弊，切中肯綮，给后人以莫大的启示。但另一方面，由于柯氏过分强调六经地面分区的理论，颇有忽视经络的倾向。人体之所以有领域界限的划分，与经络的分布是分不开的，若无经络存在，就很难反映内脏与体表间的联系。因此经络与经界学说，实有并存的必要。
5.对合病、并病的阐发 疾病的发展过程，基本上就是邪正抗衡力量的对比过程。正盛邪微，病情常常比较稳定而单纯；邪盛正衰，病情就往往多变而复杂。《伤寒论》于六经分证以外，另有合病、并病的提示，是仲景针对某些病机善变、病情复杂的疾患所设立的辨证施治方法。正如柯氏在《伤寒论翼·合并启微》一文中所说：“病有定体，故立六经而分司之，病有变任，更求合病、并病而互参之，此仲景二法之尽善也。”由此可见，《伤寒论》中关于合病、并病的理论，正好补充说明了伤寒六经在疾病发展中的整个复杂过程。柯氏又指出，“合”“并”两字，虽然也常常相提并论，但两者的含义仍有不同。他说：“并病与合病稍异者，合则一时并见，并则以次相乘。”这个定义下得既确切而又易于理解。
《伤寒论》在三阳篇中都列有合病、并病的条文，而在三阴篇中却未提及。但柯氏认为合病、并病不独为三阳所有，即三阴病中也较普遍地存在。他在《合并启微》中说：“夫阴阳互根，气虽分而神自合。三阳之里，便是三阴；三阴之表，即是三阳。如太阳病而脉反沉，便合少阴；少阴病而反发热，便合太阳。阳明脉迟，即合太阴；太阴脉缓，即合阳明。少阳细小，是合厥阴；厥阴微浮，是合少阳。虽无合、并之名，而有合、并之实。”这是指表里阴阳二经的合并病而言。此外，柯氏认为还有阳与阳合、阴与阴合的病证。例如不下利而自汗出，为白虎证，即是三阳合病；不发热而吐利厥逆，为四逆证，即是三阴合病。
柯氏对合病、并病的理解，虽与《伤寒论》原意略有出入，但证诸临床所见，阴阳错杂、虚实互呈的病证，确实很多，诸阴主证同时并存的病变也屡见不鲜。