根据分子标志物
以ER、PR、HER2为基础的分子标志物分型对乳腺癌治疗的指导意义与分期同等重要，但它主要应用于：①可手术的局部浸润性乳腺癌的辅助治疗；②不可手术的局部进展期浸润性乳腺癌的辅助/姑息治疗；③复发转移性乳腺癌的姑息治疗。前两者还要受组织学类型的影响，此处介绍的适用于组织学类型不好者。组织学良好的乳腺癌多半是特殊病理类型的乳腺癌，见后述。
（一）辅助治疗
1.ER和（或）PR阳性，HER2过表达
根据淋巴结转移及肿瘤大小：
淋巴结阴性或微转移：①原发肿瘤直径≤0.5 cm（pT1a），或原发肿瘤直径为0.6～1.0 cm（pT1b），但高分化且无不良预后因素：pN0不进行辅助治疗，pN1mi（腋窝淋巴结转移灶≤2 mm）考虑辅助内分泌治疗；②原发肿瘤直径为0.6～1.0 cm（pT1b），中/低分化或有不良预后因素：辅助内分泌治疗±辅助化疗；③原发肿瘤直径＞1 cm（pT1c，pT2，pT3），辅助内分泌治疗＋辅助化疗＋曲妥珠单抗。
淋巴结阳性（1个或多个同侧腋窝淋巴结＞2 mm的转移灶）：无论肿瘤大小，辅助化疗±曲妥珠单抗＋辅助内分泌治疗。
2.ER和（或）PR阳性，HER2低或不表达
除不使用曲妥珠单抗外，其余均同上述。
3.ER和PR阴性，HER2过表达(https://www.daowen.com)
除不考虑内分泌治疗外，其余均同上述。
4.ER和PR阴性，HER2低或不表达
不考虑内分泌治疗及曲妥珠单抗，酌情选择观察或化疗。
（二）复发或转移的治疗
1.ER和（或）PR阳性
无论HER2表达状态，绝经前患者考虑药物或手术去势，再予原先未用过的内分泌药物治疗；对于绝经后患者他莫昔芬及芳香化酶抑制剂均可考虑，后者的效果更好。有内脏危象者应优先考虑化疗，新靶点药物酌情选择，病情稳定后改用内分泌治疗。
2.ER和PR阴性，或阳性但内分泌治疗耐药
仅有骨或软组织转移或无症状的内脏转移，可试用一次原先未用过的内分泌治疗。若连续2～3个月的内分泌治疗无效或病情进展，改用化疗或姑息治疗。有内脏危象者同样应优先考虑化疗±新靶点药物。
在ER、PR、HER2的基础上，结合Ki-67的分子标志物分型模式，对诊断和治疗也有一定意义。腔上皮A型预后明显好于B型，术后可仅辅助内分泌治疗，如有高危因素考虑放疗。新辅助化疗和新辅助内分泌治疗疗效相似。腔上皮B型10年生存率明显低于A型（79%、92%），其中ER和（或）PR、HER2三阳性者推荐化疗、内分泌治疗和抗 HER2药物治疗；ER和（或）PR阳性、HER2阴性、Ki-67＞14%者推荐使用内分泌治疗和（或）细胞毒化疗。不同分子亚型新辅助治疗后的pCR率也有差别：腔上皮A型为8.3%；腔上皮B型的三阳性乳腺癌为18.7%；HER2（＋）型为38.9%；基底样型为31.1%，但预后最差。