基金运行整合：统一与分类管理并存

在统筹比较彻底的地区，新农合与城镇居民医保基金整合成一只基金，实现统一管理，统一使用。但目前各地通常制度合在一起，两只基金仍分别运行。内蒙古自治区乌海市在基金管理上，新农合并入城镇居民基本医疗保险后，仍保留新农合基金，全部存入财政专户管理，实现市级统筹管理。