分属不同行业主管部门导致政策协调困难

城乡居民基本医保并轨整合并不是中央政府自上而下全局整体推进的一项改革，而是个别地方的试点行为，中央、省级的新农合与城镇居民医保还是分别由卫生部门和人社部门分别管理经办，导致试点地区统筹后的管理体制不顺畅，出现上下管理体制的“肠梗阻”。在居民医疗保险城乡统筹后，既要遵照人社部门的统一部署，又要执行卫生部门的有关政策，难以协调和统筹。尤其是有关数据的统计和上报，仍然需要人为地拆分为新农合和城镇居民医保，上报给不同主管部门。以鄂尔多斯市鄂托克前旗为例，城乡基本医疗保障制度统筹后，新农合的所有管理经办业务统一归口当地社会保障部门。但是从鄂尔多斯市到内蒙古自治区以及国家仍然是卫生部门管理，网络、基金仍由市卫生局集中管理，意味着鄂托克前旗经办机构在执行医保政策、报表填送等方面要对口两个主管部门，既增加了基层的工作量，又增加了工作难度。