黄州萝卜的食用器官称为肉质根。蔬菜栽培学上,萝卜的肉质根分为头部、根颈部和真根三个部分。根头即短缩茎,其上着生芽和叶,当子叶下胚轴和主根上部膨大时也随着增大,并保留叶片脱落的痕迹。根颈部即子叶下胚轴发育的部分,表面光滑,没有侧根。黄州萝卜的根系属直根系,主要根群分布在20~45厘米的耕层中,有较强的吸收能力。当前主栽类型为斛斗型黄州萝卜,其肉质根上端稍小,下部逐渐膨大,底部平,中央微凹,单个肉质根重0.6~1.0千克,大者可达1.0~1.5千克。