基因组文库的应用主要有以下几个方面：
（1）将生物的遗传信息以稳定的重组体形式储存起来，理论上可获得该种生物所有基因；
（2）基因组文库是分离克隆目的基因，特别是原核生物基因的主要途径；
（3）基因组文库是复杂基因组作图的重要依据；
（4）进行基因原始结构功能的研究，对比分析内含子、外显子及调控区域。
