5.4.2 cDNA文库的质量评价
细胞含有多种mRNA，mRNA根据其在细胞中的拷贝数即丰度，可分为低丰度mRNA、中等丰度mRNA和高丰度mRNA三种。高丰度mRNA，每种mRNA的拷贝数在1000～10000；中等丰度mRNA，每种mRNA的拷贝数在100～1000；低丰度mRNA，每种mRNA的拷贝数在1～15。cDNA基因文库中，相应于高丰度mRNA的cDNA克隆所占的比例高，分离起来较容易，而相应于低丰度mRNA的cDNA克隆所占的比例较低，分离比较困难。对cDNA文库质量的评价主要有两个方面。
1.文库的代表性
cDNA文库的代表性是指文库中包含的重组cDNA分子反映来源细胞中表达信息（mRNA种类）的完整性，它是体现文库质量的最重要指标。文库的代表性可用文库的库容量来衡量，它是指构建的原始cDNA文库中所包含的独立的重组子克隆数，库容量取决于来源细胞中表达出的mRNA种类和每种mRNA序列的拷贝数。在构建cDNA文库时，为了获得不同丰度的基因，可进行cDNA文库库容量理论估算：细胞总mRNA分子数/细胞中某种mRNA的拷贝数。
例如，某个细胞的mRNA分子数为500000，为获得某个丰度为每个细胞3500拷贝的mRNA基因，应构建的cDNA文库的最小值为500000/3500=143，即由143个克隆组成的cDNA文库理论上会包含一个此丰度的mRNA基因。而要获得丰度为每个细胞14拷贝的mRNA基因，应构建的cDNA文库的最小值为500000/14=35714。
如果构建一个完整的cDNA文库，也就是不论mRNA丰度高低，都要包含任一种mRNA的cDNA克隆，那么同基因组文库完整性经验值计算类似，满足最低要求的cDNA文库的库容量也可根据以下公式计算：
式中：n为细胞中某种（常指最稀少）mRNA的拷贝数；T为细胞中表达出的所有mRNA的总拷贝数；P为文库中任何一种mRNA序列信息的概率，通常设为99％；N为文库中以P概率出现在细胞中任何一种mRNA序列理论上应具有的最小克隆数。
例如，要获得人的成纤维细胞中低丰度（小于每个细胞14拷贝）mRNA，这类mRNA占mRNA总数的30％，约有11000种不同的mRNA属于这个范围，那么要包含所有这类低丰度mRNA基因在内的克隆数为
即需要构建170000个克隆子的cDNA文库。
2.序列的完整性
除了代表性外，文库中基因或cDNA片段的序列完整性（所含基因是否完整，是否是全长）也是反映文库质量的一个重要因素。在细胞中表达出的各种mRNA尽管具体序列不同，但基本上都是由三部分组成，即5'端非翻译区、中间的编码区和3'端非翻译区。非翻译区的序列特征对基因的表达具有重要的调控作用，编码序列则是合成基因产物——蛋白质模板。因此，从文库中分离获得目的基因完整的序列和功能信息，要求文库中的重组cDNA片段足够长以便尽可能地反映出天然基因的结构。