FD的病理生理学
根据罗马Ⅲ的诊断标准，病人有以下一点以上：①餐后饱胀不适。②早饱。③上腹痛。④上腹烧灼感，经过内镜及其他检查并没有发现有可以解释症状的器质性疾病，诊断前症状出现至少6个月，近3个月有症状。这部分患者被定义为功能性消化不良。在罗马Ⅱ诊断标准中FD分为溃疡样消化不良、动力障碍样消化不良、非特异性消化不良3个亚型。在罗马Ⅲ诊断标准中改为2个亚型，餐后不适综合征和上腹疼痛综合征。餐后不适综合征的主要表现为早饱及餐后饱胀感，而上腹痛综合征主要为位于上腹部的疼痛或烧灼感，FD是一种排他性诊断。
FD的病理生理机制并不十分清楚，很多患者的症状与其他功能性胃肠道疾病如功能性胃灼热、肠易激综合征（IBS）和非心源性胸痛的症状相重叠。高达2/3的IBS患者有消化不良；与之相似，高达2/3的FD患者有IBS的症状。此外，功能性胃肠道疾病患者常常有肠外症状和疾病，如偏头痛、泌尿系或妇科不适。
与其他功能性胃肠道疾病一样，FD如果采用疾病的生物—心理—社会模式可能更加容易理解，在这种模式下，症状的出现是由于胃肠道异常生理和社会心理因素之间复杂作用的结果，并最终引起胃肠道生理发生改变。通过“脑-肠轴”，高级神经中枢可能调整胃肠道的感觉、运动和分泌。为了评估FD患者，医生必须同时考虑可能导致症状的生理和心理因素。
1.胃十二指肠动力异常
高达60%的FD患者存在胃蠕动功能异常。有数种试验方法可以检查胃排空、顺应性和肌电活动异常，但是这些异常对引起症状的重要性存在争议——部分是因为还没有在这些异常和症状之间建立比较一致的可靠关系。
胃排空延迟：胃排空检查评估了胃神经肌肉活动对一次进餐的整体作用。可以通过闪烁扫描术、呼吸试验或超声造影法进行检测，结果发现25%～40%的消化不良患者有固体胃排空延迟。胃排空延迟更多见于女性和主诉有严重餐后胀满和呕吐的患者；尽管如此，其他研究并没有发现某些特殊的消化不良症状和胃排空延迟之间有何联系。治疗性的试验显示症状的改善和胃排空的改善之间关系不大，因此对于胃排空延迟在引起症状的重要性方面仍有疑虑。
胃顺应性受损：胃的顺应性是一种迷走神经介导的反射，指近端胃在进餐后出现的松弛来适应食物容积，避免胃内压力明显升高。这个反射的传入支位于分布在胃壁的机械性张力受体和胃或十二指肠的化学性受体。输出部分通过非肾上腺素非胆碱能抑制神经元释放的一氧化氮进行介导。这些神经元可以被结前交感α2肾上腺素受体和血清素5-羟色胺1（5-HT1）受体调节。超声造影、磁共振成像和胃内闪烁扫描术检查发现高达40%的FD患者的近端胃的顺应性受损。胃底松弛性受损或早期胃窦的充盈可能导致患者出现进餐后的消化不良。部分有胃顺应性受损的FD患者被证实存在迷走神经自主功能异常。
2.内脏敏感性增高
来自胃肠道的主要刺激（源于顺应性、胃排空、扩张或收缩）并不会被有意识地感觉到，但是这种感觉域值可能在FD患者中降低，结果导致患者对一些微小刺激的敏感性增加。可以通过改变放置在胃内的恒压器气球的体积、压力或张力直到患者出现感觉来检查患者初始感觉、不适或疼痛的域值。40%的FD患者存在对位于近端胃的气球扩张存在超敏现象。对十二指肠内注射酸或高脂营养液的敏感性也可能增加。通过在扩张胃或十二指肠气球的过程中，采用功能性磁共振成像和正电子发射断层成像（PET）扫描可以观察到脑干和大脑中枢的脑诱发电位和血流分布发生了改变，因此提示消化不良患者其中枢神经系统在处理内脏传入信息时发生了改变。目前，除了临床研究性试验，还没有可用于临床的内脏超敏性的试验方法。(https://www.daowen.com)
3.心理社会因素
据人格调查表评估，FD患者与IBS患者类似，焦虑、抑郁、癔症和疑病的评分要高于正常人。心理疾病，包括焦虑、抑郁和躯体化症状在FD患者中的频率高于正常对照组。近期以人群为基础的社区调查显示，心理苦恼的基线可以预测慢性腹痛，但是与患者的就医行为无关。这一结果提示，心理苦恼可能是引起症状的一个重要因素。
急性生活应激在促发消化不良和其他胃肠道症状的过程中起重要作用。与健康无症状社区个体相比，消化不良患者在近6个月内发生应激性或威胁生命的生活事件的数量增加（如家庭成员死亡、失业、严重疾病、离婚），这些事件对个人的生活有负面影响。
4.幽门螺杆菌（Helicobacter pylori，Hp）
Hp感染与FD之间的关系一直存在争议。有的学者认为其在FD中并不起主要作用，因为Hp阳性的FD患者如果经内镜检查几乎均有慢性、活动性胃炎，但慢性胃炎患者多数可无任何症状，有症状者主要表现为非特异性消化不良，有无症状及其严重程度与内镜下所见和组织学分级无明显相关性。FD患者Hp感染流行率与整个人群接近。另外还没有证实慢性Hp感染引起消化不良的病生理机制。
另一方面，根除Hp确实可改善一部分病人消化不良症状和胃黏膜组织学、预防消化性溃疡的发生，可有效防止萎缩和肠化生的进展，很大程度上降低胃癌的发病率。有些研究认为，感染“高毒力的”Hp菌株，如cagA阳性菌株，可能与消化不良有关。美国胃肠病学会（AGA）在评估FD治疗方案时认为，根除Hp具有费用-疗效比优势。国内共识意见为Hp感染是慢性活动性胃炎的主要病因，有消化不良症状的Hp感染者可归属FD的范畴。《中国消化不良的诊治指南（2007.大连）》认为，Hp感染是慢性、活动性胃炎的主要病因，但是否为FD的发病因素尚存在争议。根除Hp可使部分FD患者的症状得到长期改善，对合并Hp感染的FD患者，若应用抑酸药、促动力药治疗无效时，建议向患者充分解释根除的利弊关系，在征得患者同意后予根除治疗。
5.功能性消化不良（FD）与慢性胃炎
FD是罗马Ⅲ标准工作委员会通过循证医学的方法，经过严格的科学论证，提出的以症状学为主的诊断标准。
中国慢性胃炎共识意见（2006.上海）指出，FD患者可伴有或不伴有慢性胃炎，根除Hp后慢性胃炎的组织学改善显著，但多数组织学改善的消化不良症状并不能消除，提示慢性胃炎与FD症状并非密切相关。另外FD患者除了具有与慢性胃炎患者相似的餐后上腹饱胀、上腹痛、早饱及上腹疼痛等消化不良症状外，患者还具有不同程度的心理调节障碍，临床上表现为抑郁和（或）焦虑状态，在病理生理学方面具有中枢神经系统的高敏感性、脑-肠轴调控功能的异常和某些神经介质及神经肽类物质分泌的异常。同时，FD患者还可能显示有遗传特征。