大王杜鹃具有中等的遗传多样性，为维持现有的遗传多样性水平，可对大王杜鹃进行就地保护，同时也避免了物种资源遗传变异的流失。由于大王杜鹃的分布范围狭窄，且居群间的遗传分化较大，通过收集种子或将植株迁移在—起种植，可以增加不同居群间的基因流，丰富其遗传多样性，从而增强对环境的适应能力。总之，对大王杜鹃最理想的保护就是对所有居群进行保护，因为任何—个居群的丧失都有可能降低大王杜鹃的遗传多样性。
