二 平定诸王叛乱
大蒙古兀鲁思内部各个兀鲁思形成后，各兀鲁思的离心倾向，自成吉思汗晚年开始，愈益明显地加剧了。到忽必烈时期，这种矛盾与争夺汗位的斗争交织在一起，表现为海都、乃颜等藩王的武装叛乱。
阿里不哥投降后，忽必烈为了行使大蒙古兀鲁思大汗的职权，于至元元年（一二六四年）以商讨如何处置阿里不哥的名义，邀伊利汗旭烈兀、钦察汗别儿哥、察合台汗阿鲁忽前来参加忽里台大会，三汗答允于至元四年（一二六七年）同时到达，但不久后，三汗先后去世，分别由阿八哈、忙哥帖木儿和木八剌沙继承。
忽必烈对窝阔台后王海都也曾邀请，但海都用“牧马尚瘦”为借口故意拖延[44]，仅表示只愿在领地内“服从大汗的命令”[45]。海都是窝阔台的孙子，汗位被拖雷系夺去后，他一直心怀不满。当阿里不哥在和林称大汗反对忽必烈时，他曾支持过阿里不哥。阿里不哥兵败投降后，海都即返还叶密立河，联合朮赤后裔诸王，占有窝阔台原来的封地，割据自雄。
忽必烈为了进一步控制中亚，当然不能容忍海都的行为。因而针对海都采取了一系列措施。
忽必烈先派察合台系诸王八剌去河中辅佐木八剌沙，执行进攻海都的命令。察合台分地在窝阔台分地之西，这样便可形成对海都的东西夹击之势。八剌到察合台兀鲁思后，发动兵变，废黜木八剌沙，自立为汗。但八剌反过来又不听从大汗的命令，反而与忽必烈的军队发生冲突。忽必烈另派铁连去朮赤分地，联合朮赤后王忙哥帖木儿出击海都。
至元五年（一二六八年），忽必烈军自岭北发兵，击败海都军，追至阿力麻里；忙哥帖木儿和八剌也乘机出兵攻击海都。海都在兵败之时，不得不与忙哥帖木儿议和，迎击八剌，八剌战败。海都请堂兄乞卜察克出面调解，遂与八剌讲和，结为“安答”（义兄弟），未几，双方又不和。至元七年八剌死，海都立察合台孙捏古伯为汗，但八剌诸子及阿鲁忽诸子不服，举兵攻海都，出现了混战局面。
忽必烈为了加强对西北地区的控制，于至元七年命刘好礼任乞儿吉里、撼合纳、谦州、益兰州等五部断事官。迁去中原地区的农民、军人，进行军垦、民屯，设立人匠局组织管理迁去的各种工匠，并设立传舍，改进道路交通，希图把这里建设成为防御西北叛王的根据地。在占领阿力麻里后，形势对元军更加有利，至元八年（一二七一年），忽必烈子北平王那木罕建幕庭于阿力麻里，总辖西北元军。十年，捏古伯与海都相攻，元军乘机进兵察合台兀鲁思，是年十二月，捏古伯兵败被杀。
十一年，元朝政府在天山南北别十八里、忽炭、鸭儿看（今新疆莎车）、沙州（今甘肃敦煌西）等处置水陆驿站，以加强西北与内地的交通往来及对前线的支援。十二年，忽必烈再命皇子北平王那木罕率诸王镇守西北，命右丞相安童辅之，那木罕弟阔阔出，蒙哥子昔里吉，忽必烈弟岁哥都子脱脱木儿，阿里不哥子明里帖木儿、药木忽儿等随行。但蒙哥、阿里不哥诸子因与忽必烈不和，一直在寻找机会发动叛乱。
十三年秋，脱脱木儿首先率部叛乱，昔里吉与元将忽怜奉命征讨，将脱脱木儿击败。但昔里吉暗中却与脱脱木儿勾结，他们又阴结药木忽儿、明里帖木儿等共同叛乱。时元将八鲁浑、粘闿等亦叛，昔里吉等遂乘机发兵拘系那木罕、阔阔出及安童，共推昔里吉为帝。他们又将那木罕等送往海都、忙哥帖木儿处去，希望与之结盟，但没有成功。是年秋，昔里吉等向岭北进犯，占领吉利吉思等地，执刘好礼于军中。
十四年（一二七七年）春，昔里吉等分道东进。四月，驻牧在应昌（今内蒙古阿巴哈纳尔旗东南）附近的弘吉剌部首领折儿瓦台响应，围忽必烈女囊家真于应昌城中。忽必烈急调诸王伯木儿、彻彻都，中书右丞博罗欢等北上平叛。双方在牙里伴朵、坏剌合都、鱼儿泊（今达赍泊）等地激战，叛军大败，折儿瓦台被擒。时昔里吉正率叛军主力越过杭海岭（今杭爱山）北渡斡耳寒河（今鄂尔浑河）进入土兀拉河（今土拉河）一带，被元将土土哈堵截，叛军失利。为加强军事指挥，忽必烈命灭宋主帅伯颜总军北上，伯颜率军直扑叛军集结的土兀拉河一带。六月，双方大战于土兀拉河，叛军败退斡耳寒河。八月，双方对峙于斡耳寒河，时叛军内部分化，昔里吉仓促应战，被元军击溃[46]。
是年冬，陕西行省的六盘地区（今宁夏固原东南）也发生了叛乱。六盘原是忽必烈子安西王忙哥剌的驻夏地，忙哥剌奉诏出征昔里吉，该地由南平王秃鲁主管。至元十三年春，秃鲁之父诸王禾忽曾在沙州叛乱，失败后奔海都。秃鲁趁关内空虚之机，结诸王拜答寒、伯颜起兵，安西王相商挺、赵炳率军平叛，秃鲁被擒。
至元十五年（一二七八年）初，元军继续追击昔里吉叛军，土土哈率兵过按台山西，击败与叛军联结的外剌、宽彻哥思两部。昔里吉败走也儿的石河，脱脱木儿逃至吉利吉思。是年冬，元将刘国杰领侍卫军万人，到达和林附近屯守[47]。元朝政府又牢牢地控制了岭北地区。(https://www.daowen.com)
十六年四月，脱脱木儿领兵南下，进袭杭海山东。元军主帅别吉里迷失采纳刘国杰的建议，趁其“全军而来，巢穴空虚”，直捣谦河[48]。元军迅速占领谦州，追其众至乌斯，脱脱木儿慌忙回军，叛军在谦河大败，元军“俘获生口畜牧万计”[49]。次年春，脱脱不花、昔里吉等又拥众东来，被别吉里迷失、刘国杰等击败。
至元十八年（一二八一年）叛王内部发生内乱。脱脱木儿由于屡被元政府军击败，不得不求援于昔里吉，昔里吉不应；脱脱木儿又奉撒里蛮为帝，药木忽儿不从，双方激战，脱脱木儿战败，药木忽儿将其俘送至昔里吉处，被杀。撒里蛮在孤立无援的情况下，不得不投奔昔里吉，昔里吉将其送至朮赤后王火赤斡兀立处，途中被撒里蛮旧部劫获。后来，撒里蛮重整军队，战败并俘获昔里吉、药木忽儿等，撒里蛮将两人押送至大都。但药木忽儿在途中以贿得释，昔里吉则于至元十九年被忽必烈流放至海南岛，后来死于该地。
昔里吉等的叛乱，破坏了元朝在西北地区的经营和控制。海都利用昔里吉叛乱，乘机占领阿力麻里，骚扰天山南北。对此，忽必烈也作了一系列部署。至元十五年初即遣阿老瓦丁部率士兵戍守忽炭（今新疆和田），八月，又在畏兀儿设提刑按察司[50]；同年，遣八撒察里、朵鲁知等掌管别十八里、彰八里（今新疆昌吉）军站[51]。次年，从内地抽调大批军士充实忽炭等地。十七年，忽必烈命万户綦公直戍守别十八里，在别十八里、哈剌火州置北庭都护府及交钞提举司。十八年，綦公直等进入天山南北，进驻别十八里。时元军兵力大增，达十余万人，由诸王阿只吉节制。二十年四月，又置别十八里、和州等处宣慰司。
元军在天山南北的活动引起了海都、笃哇等的不安。至元十八年，元将刘恩进兵忽炭，海都、笃哇遣将玉伦亦撒迎战，被刘恩击败；海都又遣八把率众三万攻忽炭，刘恩寡不敌众，率军退回[52]。十九年，海都见元军已平定昔里吉，乃遣回那木罕等，以谋求和解，但同时又继续进犯忽炭等地。至元二十二年（一二八五年），笃哇率兵十二万围和州，对畏兀儿亦都护火赤哈儿的斤扬言曰：“阿只吉、奥鲁赤诸王以三十万之众犹不能抗我而自溃，尔敢以孤城撄吾锋乎？”亦都护坚守，城被围六月，后笃哇索亦都护之女撤围而去[53]。时忽必烈已命伯颜代阿吉只总制西北元军，故笃哇不得不撤围退走。
至元二十三年，海都再次发动进攻，与元军相遇于马纳思河（今玛纳斯河），海都设伏于洪水山（今新疆呼图壁县西南），元军中计，綦公直、李进等将领被俘。海都乘胜越彰八里，进入哈密力，畏兀儿亦都护火赤哈兀的斤战死。元军增兵畏兀儿，海都退去。乃再置别十八里、哈密力两地元帅府[54]。
西北藩王的叛乱，使忽必烈深深感到必须对东北地区也加以控制。东北地区原来只置山北辽东道宣慰司，权轻不足以镇摄，至元二十三年改置为东京行省，省治设在咸平府（今辽宁开原北）。忽必烈加强对东北地区的控制的措施，使“东路诸王多不自安”。早与海都有勾结的帖木格斡赤斤的后裔乃颜，纠合合撒儿后王势都儿、合赤温后裔哈丹等于至元二十四年（一二八七年）三月，发动叛乱，海都答应率十万军队前来会合。针对东西叛军企图联合的形势，忽必烈一面让伯颜驻守和林，阻止海都军东来，一面亲率政府军镇压乃颜。五月，遣大将博罗欢总探马赤军三千及忙兀、兀鲁、扎剌兀、弘吉剌、亦乞烈思五投下部众先行，又发玉昔帖木儿之蒙古军、李庭之汉军随行。六月，忽必烈与乃颜党塔不台、金家奴军相遇，击退之。元军进至哈剌河，塔不台北逃。时乃颜叛军主力集结那兀江（今嫩江）一带，元军再进，双方激战于不里古都伯塔哈之地（在哈尔哈河与讷墨尔根河交汇处的三角地带），乃颜败绩，元军追至失列门林，俘乃颜，旋处死之。忽必烈返回大都，留玉昔帖木儿消灭残余叛军，势都儿投降，塔不台和哈丹等亦先后投降。
至元二十五年（一二八八年），驻地在哈剌温山（今大兴安岭）附近的诸王火鲁火孙又发动叛乱，哈丹乘机与之联合再叛。四月，忽必烈命皇孙铁木耳率玉昔帖木儿、土土哈、李庭、博罗欢等再往征讨。八月，铁木耳抵达兀鲁回河（今乌拉根河）督师，接着李庭等大败哈丹于贵烈河（今归流河）、托吾儿河（今洮儿河）之间，哈丹逃至边境。后来虽曾多次南犯，终于势孤力单，不能得逞。至元二十七年（一二九〇年）逃窜高丽。哈丹在高丽胡作非为，给高丽人民带来了很大的苦难，高丽王逃至江华岛。是年底，元将薛彻干、阇里帖木儿等进入高丽镇压叛军。至元二十八年元军在高丽军民的支持下，大败哈丹，哈丹子老的在鸭绿江源战死，哈丹兵败自杀。
忽必烈在平定东北叛王取得基本胜利之后，置辽阳行省统辖诸路，并在叛王封地内设置万户府。这些措施削弱了藩王的权力，巩固了东北地区的统一。
正当乃颜和哈丹在东北发动叛乱时，海都和笃哇的叛乱活动也进一步加紧了。由于伯颜扼守和林，阻止了东西叛王的联结，海都便向西扩张。至元二十六年（一二八九年）海都与忽必烈孙甘麻剌大战于杭海山，甘麻剌失利，幸土土哈力战，救出甘麻剌。叛军乘胜占领和林。鉴于形势的严重化，是年七月，七十四岁高龄的忽必烈决定调集安童、伯颜、玉昔帖木儿、李庭等各路蒙、汉军再次亲征，海都得知忽必烈亲征，急忙远遁。忽必烈回都后仍由伯颜负责西北军事，镇守和林。至元二十九年（一二九二年）以玉昔帖木儿代伯颜总兵西北，政府军展开了大规模的攻势，土土哈在按台山俘获海都部民三千余户，进取吉利吉思。至元三十年，政府军进入谦河流域，占领益兰州等地，海都虽多次来争夺，均被击败。到忽必烈去世时，海都的势力已被逐出按台山之外，日益衰弱，平定西北诸王的叛乱基本上已经取得胜利。后来，叛军内部再度分裂，药木忽儿等投降元朝，海都虽多方挣扎，但大势已去，终于在大德六年（一三〇二年）败死，笃哇被迫于大德七年投降。大德十年（一三〇六年）海都子察八儿投降。西北诸王的叛乱到此结束。
忽必烈在位三十多年中，与分裂割据势力进行了十分激烈的斗争，通过在军事上对叛乱势力的坚决镇压，使得在政治上不断加强了中央集权，削弱了藩王和割据势力，确实做到了“总揽纲权，则藩镇之祸销矣”[55]。忽必烈镇压叛乱，维护国家统一的坚定措施，对保持元朝一代多民族国家的统一起了很大作用。