明朝在今西藏地区设置乌斯藏都指挥使司，在青海和川西地区设置朵甘都指挥使司，又于拉达克地区（今克什米尔）置俄力思军民元帅府，长官均由明政府任命。同时继承元代西藏政教合一体制，尊迦举派及其他教派国师为五法王，即大宝法王、阐化王、赞善王、护教王、阐教王，各有分地，法王为最高僧侣，奉明朝敕命，行使地方职权。法王以下各级僧官也必须由明朝廷任免，袭职、升迁也由明王朝决定。于是西藏、青海、川西地方各不统属的地方行政单位，直属明中央政府。其疆界基本同于元代。
