环境管理机制
开发区为更好地开展环境保护工作，较早地设立环保工作机构，不断完善环境管理运行机制，切实加强环境管理的组织力度；普及环保知识，开展有关环境管理人员培训；严把项目审批关，制定执行建设、管理、监督等一系列环境管理规章制度。在环境管理中突出加强餐饮服务、工程建设、企业污水排放、地表水等管理，开展环保创建活动等，确保无重大污染事故发生，确保秦淮河、秦淮新河、百家湖、高湖等水源水质达到相应功能标准，确保园区空气质量达到国家二级以上标准，确保区域内环境噪声控制在56分贝以下，交通主干线噪声控制在70分贝以下。
【组织及宣传机制】
开发区管委会组建成立后，环保工作由一名开发总公司副总经理负总责，明确专人具体负责。1996年6月15日，经县委决定管委会机关设国土规划环保建设局，局长为李新利。2000年1月25日，经宁编字[2000]11号文通知，设立开发区国土环保局，内设环境保护科。1999年3月10日，遵照国家《环保法》有关规定和县政府[1998]43号文件精神，经开发区管委会和县环保局磋商达成如下意见：开发区内环境管理监督工作由县环保局委托开发区国土规划环保建设局全权负责；开发区环保收费实行扎口征收，由开发区国土规划环保建设局环保科协助开发区工商分局收取；管委会实行开发区内包干征收排污费的办法。
2005年3月23日，根据区政府迎“十运”环境整治要求以及加强长效管理的需要，管委会制定和实施《开发区迎“十运”环境整治方案》。该方案决定成立开发区环境整治领导小组，组长为杨友林，副组长吴举峰、李向阳、林云飞，成员有王汉福等10人。该方案还决定成立区道路两侧环境整治组、市容环境整管组、商业街及市场环境整治组、垃圾清运与道路卫生整治组、社区环境卫生整治组、园林绿化修整管理组、交通秩序、治安保障组、规划整管组。整治工作办公室设在开发区综合管理办公室。
为致力于打造全省一流、全国知名的生态园区的建设目标，2007年，成立开发区生态建设工作领导小组，由开发区一把手任组长，规划、建设、经发、市容等相关部门领导为小组成员，形成责任明确、分工负责的环境工作领导机构。同时建立生态建设工作联席会议制度，统一组织区内各有关部门定期研究生态区建设工作，认真贯彻执行国家和省市关于环境保护的法律法规和方针政策。
坚持宣传教育与执法查处并重。围绕每年环保工作中心任务，开发区组织机关干部、企业领导和广大群众，认真学习贯彻国家《环境保护法》、国务院《关于环境保护若干问题的决定》、上级环保工作会议精神，增强环保国策意识，提高保护生态环境的自觉性。重点加强对机关、企事业单位干部、国家公务员以及中小学生的环境宣传教育，全方位多层次开展群众性宣教活动。例如：在中小学校开设环境知识讲座，抽调干部接受有关环保文献学习培训，开展环保征文比赛，编发有关宣传材料等。
【实施绿色招商机制】
1992年9月28日，管委会制定颁布《南京江宁经济技术开发区环境管理暂行办法》。该“办法”共10条，以做好环境保护工作、保护和创造良好的投资环境、促进江宁经济发展、保障人民身体健康为宗旨，对开发区引进项目、引进国外技术和设备、从事生产和经营活动、建设项目竣工投产等事项，作出环境保护方面的明确规定。这就是说，对生产经营过程中产生严重污染又不能及时治理、处理的项目，经济效益再好、经济规模再大也不能入区落户。凡拟入区项目，其生产经营过程中产生的废气、废水、废渣（及噪声），经处理后必须达到国家规定的排放标准，方可批准入区。根据后来的项目审批记录，类似不少项目被拦阻在江宁开发区大门之外。例如台湾一企业拟投资3000万元兴办印染厂、意大利一企业拟投资2400万元兴办造纸厂，均由于污染治理问题，在审查中始终未获准进区通行证。
经过建区初期的努力，前来洽谈的项目越来越多。管委会为保护环境而审时度势，在项目引进上逐步实现由外商选择开发区向开发区选择外商的重大转变，凡有污染、高耗能的项目一律不准进区，投资额低于100万美元或500万元人民币的项目不再单独供地。同时规定进区企业半年内必须开工，大项目如全面开工有困难，也必须在半年内局部开工，否则收回土地重新出让或调整地块。这些规定，一方面出于对其科技含量、预期效益的希翼，更重要的则是对其环境保护的审慎考量。
2003年起，管委会专门成立进区项目评审工作小组，进一步制定完善和实行项目评审制度。根据环保规划和实际情况，于2003年制定颁发《江宁开发区项目评审办法》，又制定《江宁开发区进区项目评审实施细则（试行）》。这两个文件的出台，使项目评审这一环保重大举措进一步制度化程序化。当年，管委会对拟入区落户的208个项目逐一进行认真评审。其中60个项目符合总体规划环保要求及产业发展方向，被批准同意进区；53个项目在附加环保必须条件后，方可同意进区；21个有发展前景的中小型项目，被批准进标准厂房；其余74个项目大多因环保问题被搁置一边。在对拟入区企业项目进行逐一评审的同时，对已入区但尚未投产或即将进区的项目，也逐一进行全方位重新评审，严把项目环保合格进区关。其中对已入区的污染企业，可以治理污染的立即进行治理达标工作，无法治理达标的则明令停业或整厂搬迁。
【规划生态区建设目标】
坚决贯彻执行中央关于“经济与环境必须协调发展”的重大决策，有利于城市环境的综合整治，有利于增强对外商的吸引力，有利于开发区所在地区工业的科技发展和整体水平提高。开发区决策者把环境保护规划的制定放在开发建设的首位，努力使环境保护与经济建设协调发展、相互促进、共创效益。结合开发区总体规划，有关工作人员克服困难，从收集开发区的地质、地貌、污染源分布，污染源的污染负荷等有关资料做起，借鉴成功的环境规划经验，按照高标准、高起点、高速度、高效率战略，坚持“经济建设、城乡建设、环境建设同步规划、同步实施、同步发展”指导方针，在较短的时间内制定出《南京江宁经济技术开发区环境保护规划》。1996年，开发区根据“江宁县市县长环保目标责任状”要求及经济发展规模情况，聘请市环保科研所对《南京江宁经济技术开发区环境保护规划》作进一步修改和完善，于1997年11月3日报请南京市环保局予以批准。经过修改和完善的开发区环保规划，是在原开发区初期6.8平方公里发展到24.98平方公里基础上所作新一轮环境保护规划的滚动规划。2000年10月30日，开发区举行西进南拓更新一轮开发开工仪式（开工建设管委会办公大楼、佛城西路南片基础工程和牛首河大桥），按照新一轮开发总体规划作出新一轮环境保护规划。2005年，受开发区委托，江苏省建设厅城市规划技术咨询中心为东山新市区开发区内百家湖、九龙湖、秣陵、殷巷等片区制定控制性详细规划，是年11月，经市政府批准开始实施。2007年，开发区以科学发展观为统领，根据江宁区关于生态区建设实施意见要求，确定2008年开发区生态建设目标和实施计划。
【建立ISO14000环境管理体系】
ISO14000环境管理体系是国际标准化组织1993年制定的环境管理国际标准，内容包括环境方针、策划、实施与运行、检查与纠正措施、管理评审等五个方面。ISO14000标准体系的制定，旨在规范企业和社会团体活动，产品和服务的环境行为，以最大限度地减少人类活动所造成的环境污染，最大限度地节约资源。
为提高开发区环境品位，促进招商引资和新城区环境建设，开发区自2000年10月9日起，宣传贯彻ISO14000环境管理体系，12月28日，成立以黄斌为主任的开发区ISO14000体系管理办公室。在中国环境科学研究院专家指导下，管委会按照高标准、高质量、有绩效、有特色原则，建立健全有效的运行机制，注入ISO14000标准新理念，注入建立ISO14000环境管理体系的新思维。2001年起，开发区建成和运行ISO14000环境管理体系，设立一站式管理服务。同年4月，开发区在南京三大开发区中率先通过国家环保总局认证，并荣获奖项。2001年6月18日，开发区获得ISO14000环境管理体系认证证书，成为全省第三家获得此证书的开发区。2002年4月，江宁开发区ISO14000环境管理体系顺利通过国家环保总局的监督审核。同年7月，区环境保护局在开发区举办ISO14000环境体系认证培训班三期，区域内的三隆包装、爱立信、电声股份等企业先后建立ISO14000环境体系认证。2003年，区环保局完成开发区禄口华科园ISO14000环境管理体系认证，开发区建成区内污水处理厂二期2万吨/日扩容工程。2003年4月，开发区按照区政府《关于在全区各大开发园区和镇级工业集中区内开展环境影响评价和编制环境保护规划工作的通知》，以完善三期滚动环境规划为先导，加快推进环境保护进程，实施可持续发展。开发区组织发动干部群众，积极参与每年的纪念“六·五”世界环境日活动。2005年，为纪念“六·五”世界环境日34周年，营造人人参与环保，建设绿色家园氛围，开发区组织职工积极参与江宁区环保局“六·五”环境宣传周活动，取得明显成效。
环境影响评价表明，开发区管委会ISO14000环境管理体系实施运作以来，取得明显的环保绩效，40字环境方针（依法行政、强法管理；科学规划、合理开发；节约资源、预防污染；发展经济、保护环境；建设新区、走向世界）得到广泛的宣传贯彻；18项环境目标指标初步完成；环境管理水平得到提升；共同管理环境、提倡节约资源能源、预防污染和持续改进的氛围正在形成。中环院专家评审认为，江宁开发区管委会ISO14000环境管理体系有三大显著特色：一是推进区内企业ISO14000环境管理体系的建立；二是推进区内企业清洁生产；三是推进学校ISO14000环境管理体系。开发区通过ISO14000环境管理体系认证，进一步营造与国际标准接轨的仿真投资环境和管理机制，蓄积了持续发展的环境资本，取得了进入国际招商市场的“绿卡”，有力地促进了开发区的持续发展。
2007年，开发区再次顺利通过ISO14000环境管理体系的复审。通过ISO14000环境管理体系有效运行，开发区形成遵守法律法规、共同管理环境、节约资源能源、注重预防污染、持续改进完善的浓厚氛围，树立绿色招商理念，进一步营造出与国际标准接轨的一流软环境和管理机制；进一步引导企业节能减排，指导企业进行ISO14000认证，2007年新增认证企业5家，使开发区通过认证企业达到24家；进一步引导企业发展循环经济，在企业中开展生态建设宣传，把环保作为对企业的综合评价的重要指标，建立以协鑫热电为代表的循环经济企业有5家。
【重点企业项目环保管理】
开发区不断加强对境内餐饮娱乐服务业的环保管理。针对开发区餐饮娱乐服务业日益增多，同时也引起一些环保矛盾纠纷的状况，管委会和江宁区环保局于2003年4月22日共同决定，由环保部门会同工商、卫生等有关部门加大对餐饮业的管理力度，按照环保法有关规定，加强环保许可证管理，对违法行为严肃查处，按照开发区扎口收费原则，开征餐饮业排污费，营造开发区优良服务环境。
针对区域内建筑施工扰民举报时有增多的现象，环保部门按建筑业环保管理有关规定，加大宣传力度，规范文明施工，严格执行夜间施工许可证管理制度，开征建筑业排污费，对违法行为严肃查处。同时，按照开发区ISO14000环境管理体系运行控制的要求，加大对建筑业的影响力。
宁环水质净化厂是开发区内投入运营的唯一污水处理厂，对开发区招商引资和环境保护起到积极推进作用。但是一些特殊情况，如：雨水、污水、河水混流，部分企业偷排大量油污、污水倒灌等，对污水处理厂的正常运营产生严重影响。开发区组织污水排放、规划、工程、环保等部门，协力加强和完善城市污水管网的配套建设，加强对部分企业的污水排放的监管，为区内企业营造更好的排污环境。
开发区有着优越的水资源，为确保湖泊水资源保持其自然生态水质，由开发区规划、环保、城管、园林等部门共同加强力度，出台有关水资源保护规定，杜绝任何企业和个人的污染行为。同时由环保部门定期监测环境，提供科学数据，建立巡查制度。
【环保先进创建活动】
为着力营造开发区的新风貌和企业的新形象，坚持不懈地创造良好的投资大环境，管委会于1997年9月5日决定在进区企业中开展环境卫生创建评比活动。从此开始，区域内企业文明环境的创建评比成为制度化、经常性工作，每半年举行一次，涌现出一批热爱环保事业、积极从事环保工作的先进集体和先进个人。在南京市2003—2004年创建和巩固国家环境保护模范城市的奋斗目标、大力推进城市环境综合整治、努力改善城市环境质量、有效遏制环境污染加剧趋势的活动中，南京市政府决定，授予江宁开发区建设局、开发区内百家湖街道办事处“南京市2003—2004年环境保护先进单位”称号，开发区戴虎等被授予“南京市2003—2004年环境保护先进个人”称号。