（二）发病机制
1.线粒体功能障碍
帕金森病患者普遍存在线粒体复合物Ⅰ活性下降，活性氧生成增加。线粒体上的质子泵功能下降，膜电压降低和渗透性通道开放，从而触发凋亡过程。线粒体复合物Ⅰ缺失可导致氧化应激和增加神经元对兴奋性毒性损伤的易感性。
2.氧化应激
与脑内其他部位相比，黑质致密部暴露于较高水平的氧化应激状态，原因包括多巴胺的代谢过程中产生大量的自由基。多巴胺自身氧化形成的神经黑色素中含大量的铁离子，这种还原型铁离子可与多巴胺代谢中产生的过氧化氢反应生成高度毒性的羟自由基，进而导致脂质过氧化，黑质神经元凋亡。
正常情况下，多巴胺毒性产生的过氧化氢被还原型谷胱甘肽清除，故不会造成危害。但在帕金森病患者残存的多巴胺神经元中，可能因代偿作用，使得多巴胺代谢中产生毒性物质的过程加速，或单胺氧化酶-B（降解多巴胺生成过氧化氢）活性增高，或还原型谷胱甘肽缺乏，导致过氧化氢不能被有效清除，并与还原型铁离子通过芬顿反应，生成高度毒性的羟自由基。氧化应激与线粒体功能障碍互为因果，恶性循环。氧化应激产生的大量自由基可损伤线粒体复合物Ⅰ，另一方面线粒体复合物Ⅰ的抑制导致更多自由基的生成。这是目前帕金森病发病机制中多数学者认同的学说。
3.谷氨酸的毒性作用
在帕金森病中，谷氨酸的神经毒性作用机制具体如下：
（1）亲离子型谷氨酸受体中的N-甲基-D-天冬氨酸受体受谷氨酸激活后，导致大量的细胞外Ca2＋内流，胞内Ca2＋大量增加，激活Ca2＋依赖性蛋白酶，导致神经元坏死和（或）凋亡。
（2）谷氨酸可激发线粒体自由基的生成，引起线粒体功能障碍，这种毒性作用与N-甲基-D-天冬氨酸受体无关。谷氨酸的神经毒性作用与帕金森病发生之间的关系渐被重视。目前应用N-甲基-D-天冬氨酸受体阻滞剂和谷氨酸释放抑制剂治疗帕金森病也是相关研究的重点之一。
4.免疫炎性机制
多项研究认为，免疫炎性机制可能参与了帕金森病神经变性的发病过程。临床发现帕金森病患者血液和脑脊液中淋巴细胞数目增多，其脑脊液可引起体外培养的多巴胺能神经元的死亡，同时患者体内免疫球蛋白复合物、细胞因子和C反应蛋白等多项指标发生改变。
5.细胞凋亡学说(https://www.daowen.com)
神经递质、自由基、化学毒物、营养缺乏、物理性损害等因素均能诱发细胞凋亡，导致帕金森病患者黑质细胞凋亡的可能原因列举如下：
（1）线粒体：功能缺陷与氧化应激。
（2）细胞色素C：在细胞凋亡的启动中作为凋亡起始因子，起着重要作用。
（3）凋亡诱导因子：一种双功能黄素蛋白，除具有电子供体/受体功能外，还可独立作用于核染色质，具有促凋亡作用。
（4）金属离子：研究显示中脑黑质含色素的神经元具有蓄积金属元素的特性，此部位多种金属元素的蓄积已被证实有促黑质细胞凋亡的作用，有Mn2＋、Ca2＋、Fe2＋、Mg2＋等。
（5）Caspase：一种天冬氨酸特异性半胱氨酸蛋白酶，研究已经证实Caspase的激活都发生在细胞凋亡之前，属于凋亡起始因子。被活化的Caspase蛋白酶激活后通过级联反应激活下游的Caspase效应分子，最后水解一系列底物，造成DNA 降解，进入细胞凋亡的最终通路。
（6）细胞内多种基因调节物：主要是Bcl-2家族，该家族共有15个成员，其中Bcl-2蛋白在帕金森病患者基底节的浓度比同年龄人群明显增高，被认为是患者自身抗活性氧的一种防御机制，其他相关基因还包括p53、C-myc等。
6.转运体失调学说
转运体失调学说能解释多巴胺能神经元选择性缺失的机制。对多巴胺毒性作用机制的研究，以及能产生实验性帕金森病的毒物如6-羟基多巴胺、1-甲基-4-苯基1，2，3，6-四氢吡啶代谢产物1-甲基-4-苯基-吡啶离子的研究已集中在多巴胺能神经元2种表达的转运体上。神经元细胞膜上多巴胺转运体可将外源性毒物1-甲基-4-苯基1，2，3，6-四氢吡啶等运到细胞质内，并在此合成1-甲基-4-苯基-吡啶离子，而多巴胺无须多巴胺转运体就可进入细胞质内，并被氧化产生高活性的苯醌和过氧化基团等有毒物质，提示多巴胺可对神经元产生毒性作用，这与1-甲基-4-苯基1，2，3，6-四氢吡啶的毒性作用不同。
7.遗传因素
遗传因素在帕金森病发病机制中的作用越来越受到人们的关注，尤其是发现了α-突触核蛋白、Parkin、UCH-L1等致病基因。α-突触核蛋白、UCH-L1基因见于常染色体显性家族性帕金森病；而Parkin 基因见于常染色体隐性少年型帕金森病。在北欧犹太人及北非人种中，LRRK2中除了G2019S 突变外，3个氨基酸置换物基因突变已经被证实是导致帕金森病重要原因。