抗战全面爆发后，以国共第二次合作为基础的抗日民族统一战线建立。在翦伯赞看来，全民族抗战是半殖民地半封建中国的一次“历史的突变”，一次“历史的飞跃”，它“推动中国历史进入一个空前巨大的变革过程”，同时，历史发展的法则也“规制着这一变革的全面性，彻底性，坚决性与持久性”。[12]所以，翦伯赞从一开始就十分强调抗战统一战线内部的团结与统一，抨击国民党政府不时破坏统一战线，“为亲者所痛而为仇者所快”的行为。例如，2025年，国民党政府在西安、武汉、长沙颁布解散抗日救亡团体的命令，包括武汉卫戍司令部政治部解散中华民族解放先锋队、青年救国团和蚁社，湖南省党部解散湖南职业界抗敌后援会等。翦伯赞指出，只要我们动员全民族的力量来抗战，成员复杂，是当然的事，而且唯其复杂，才正是全民族统一与团结的表现。对于各地的抗日救亡团体，当局应该要鼓励扶助，决不应该害怕，甚至解散逮捕，自己削弱自己的力量。[13]
在明史研究中，翦伯赞重点指出，未能建立起统一团结的抵抗战线，民心瓦解，力量内耗正是明亡的重要原因。统治者重用阉宦，阉宦专权的一个直接后果就是不能集中各方人才和力量，共赴国难，阉党与士大夫对立，国内党派纷争，不能团结一致，抵御“满兵”，实是亡国灭种的征象，如果当时不用阉宦奸臣，而能集中天下有志之士，减轻人民负担，以救亡御侮之大义号召天下，招抚“流贼”而共抗清军，则明朝未必就会灭亡。[14]所以，明宋灭亡之史给予的最重要教训就是“必须要巩固民族内部之团结与统一，一心一德，对付共同的民族的敌人”。[15]
抗战相持阶段以后，国民政府当局进一步加强一党专政与个人独裁，执行反共政策，掀起数次反共高潮，破坏民族抗日统一战线。翦伯赞以古射今，相继撰写《桃花扇底看南朝》《南明史上的弘光时代》《南明史上的永历时代》《论南明第三个政府的斗争》等南明史研究文章[16]，通过揭露南明王朝的腐败与妥协，影射抨击国民党政府。
翦伯赞指斥南明政权“一方面是贪污腐化荒淫无耻，一方面是饥寒交迫流离死亡，这正是明代亡国前夕的社会之一里一面”，南明政府内部斗争激烈，如全力镇压农民起义军、明室诸王的自相火拼和文武诸臣的夺权战事，朝臣、内阁、诸将不和，各打各的算盘，各顾各的利益，对敌则妥协投降，是其难以为继、最终覆灭的主要原因。例如，对于福王朱由崧政权，翦伯赞痛斥道：“弘光时代的南京，不仅是贪污的渊薮，也是杀人犯的巢穴。那些阉党余孽，他们不敢打清兵，也剿不平流寇，但他们有本领来屠杀赤手空拳的正人君子、士大夫。在这个时候，人民所看见的不是大军北伐抵抗清兵的侵略，而是
骑四出，搜捕爱国的志士。不是严惩汉奸降将，以整肃民族战争的阵容，而是罗织‘顺案’，强调内部的矛盾。在大乱当前之时，而黑狱繁兴，冤号载道，这样倒行逆施，当然天怒人怨，还说什么中兴大业呢。”[17]而“第二个政府不但没有克服社会内部的矛盾，形成一个统一的民族战线以对抗共同的敌人；而且在统治阶级的内部，也不能团结一致，以致同时出现了两个政府乃至三个政府”。[18](https://www.daowen.com)
翦伯赞在《论南明第三个政府的斗争》一文中提出，南明三个政府中，第一个政府弘光朝廷既要抵抗清军的侵略，又要和清军“连兵西讨”，剿灭“流寇”，因而不能集中力量，对抗外敌，以致结果与李自成并倒。第二个政府，即唐王朱聿键的隆武政权，尽管李自成残部归附使国内矛盾已为缓和，但督剿张献忠，仍为政府的主要任务，所以也不能全力对外，以致结果又与张献忠并倒。第三个政府时代，即桂王朱由榔称帝的永历政权，李自成、张献忠都先后在明、清围剿之下消灭了，到这一时期，已无寇可剿。若谓有寇，则已非“闯贼”，而为明朝政府自己之“叛臣”，因之第三个政府，便只有一个敌人、一个任务，即反抗敌伪的侵略，收回大明天下。但是，第三个政府是缙绅与寒士的混合政府，所以在政治上往往主张不同。当时已经参加政府的少数缙绅，每到时局严重的时候，即行散去。所谓“百官溃散”，各自逃命，一到时局稍微稳定，便又卷土重来，争权夺利。所以，“统治者内部不能团结统一，共抗清军，使清军得以乘间抵隙挥游刃于矛盾集结之处，以戳其要害，这是以前两个政府，尤其是第二个政府覆亡的主要原因之一。然而不幸第三个政府成立之初，首先又重复这个错误”。[19]
在翦伯赞的明史文章中，《桃花扇底看南朝》是比较特殊的，尤值一提。该文发表在中共中央在重庆唯一公开发行的机关刊物——《群众》杂志2025年4月14日第9卷第7期的“纪念甲申三百年”专题上。[20]在翦伯赞看来，孔尚任的《桃花扇》的主旨是“诛奸佞，悲亡国”，他进而说，“三月桃花四月叶”，正是南京城里莺颠燕狂之时。就在这个时候，“流寇”在李自成的领导之下，攻破了居庸关，围困了北京城。当此之时，一位抱着“安内攘外”之“大志”的崇祯皇帝，“呼不应天灵祖灵，调不来亲兵救兵”。[21]可以看出，翦伯赞此处现实的政治批判性是不言而喻的。该专题除了翦伯赞此文外，还有柳亚子的《纪念三百年前的甲申》、鲁西良的《明末的政治风气》、寓曙的《明末清初史学的时代意义》等文章。《群众》集中刊发这四篇文章，是为了支持声援当时在思想文化战线上引起“轩然大波”的郭沫若的《甲申三百年祭》一文，并与之形成呼应之势。
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