二、内科
清代，内科学的发展延续了明代的特点并有所深化。内科的病证论治经验不断总结，医著丰富。
（一）内科著作大量涌现
通过对前人学术经验的悉心研究，并结合临证所得，清代医家编著的综合性医著较为丰富，这些著作的内容每多融贯古今，以内科诸病证为主，兼备各科，并融入医家个人的学术理论和临证实践经验，重要的如陈士铎《石室秘录》、徐大椿《兰台轨范》、沈金鳌《杂病源流犀烛》、李用粹《证治汇补》、林珮琴《类证治裁》、尤怡《金匮翼》、费伯雄的《医醇賸义》等。这一时期专论内科杂病某病证的论著更为丰富，如吴澄《不居集》、洪炜《虚损启微》专论虚劳病，杨凤庭《失血大法》、唐宗海《血证论》以论治血证著称，中风论治专书有熊笏《中风论》，陈葆善《燥气总论》则为探讨燥气证治的专书。有关外感温热和温疫的专著，除叶、薛、吴、王四家外，尚有陈平伯《温热病指南集》、张泰《类伤寒集补》、雷丰《时疫论》、郭志邃《痧胀玉衡》、周扬俊《温热暑疫全书》、戴天章《广瘟疫论》、余霖《疫疹一得》、刘奎《松峰说疫》等。
（二）杂病论治水平显著提高
叶桂、余霖、吴瑭、王士雄等除在温病诊治中取得重大突破，对内伤杂病的辨治也经验丰富。如叶桂从阳化内风立论治疗中风，提出久病入络说，强调“脾宜升则健，胃宜降则和”“脾喜刚燥、胃喜柔润”，倡导养胃阴一法，并发展了奇经八脉证治。张璐认为痢疾乃肠澼之属，“皆缘传化失司，津液受伤，而致奔迫无度”，辨证以辨痢下赤白及辨身热为要点。徐大椿注重元气，提出元气存亡论，对临床有重要指导意义。王清任从元气亏损立论，较全面总结中风临床特点，创补阳还五汤益气活血、化瘀通络。王氏还根据瘀血部位及兼有气滞、气虚、热毒、寒湿、痰浊之不同，创制了以血府逐瘀汤为代表的系列活血化瘀方剂。王氏《医林改错》刊于道光十年（1830年），其中《亲见改正脏腑图》尤重解剖，提出“灵机记性不在心在脑”的脑髓说观点，对后世临床产生较大影响。晚晴名医张伯龙治疗中风主张养阴熄风，潜阳镇摄。王泰林以“肝气、肝风、肝火”为治肝之纲，对肝病证治的阐述颇得要领。程国彭认为消渴病机为燥热结聚，辨证治疗贵宜变通，不可一途而取。其治上消以二冬汤润肺兼以清胃，治中消以生地八物汤清胃兼以滋肾，治下消以地黄汤合生脉散滋肾，兼补其肺。唐宗海《血证论》提出止血、消瘀、宁血、补血大法，使血证治疗有了新的发展。费伯雄重视营血在人体中的作用，善用调营之法，不仅藉调营以治疗一般虚弱之症，而且许多急症、重症也以调营为主要治疗方法。另外，徐大椿、陈修园针对明代大力倡导温补的观点提出批评，反对辛热峻补。伤寒温病两大学派的争鸣，丰富和深化了中医外感热病学内容，提高了内科诊疗水平。(https://www.daowen.com)
（三）注重传染病防治
清代防治瘟疫、霍乱、麻风病有重大进展。杨璿撰《伤寒温疫条辨》区分伤寒与瘟疫的不同，叶桂主张以卫气营血为纲辨治外感热病，吴瑭强调以上、中、下三焦为纲统论温热、湿热与温疫，余霖倡用石膏重剂治疗瘟疫，这些认识都对后世影响极大。王士雄的《随息居重订霍乱论》记载了霍乱流行与人烟密集、交流频繁、卫生环境恶劣尤其是水源污染有关，并对古今霍乱进行鉴别区分。徐子默的《吊脚痧方论》详细分析了霍乱的临床表现与流行特点，强调勿固守古法治疗霍乱，否则“百不救一”。萧晓亭的《疯门全书》乃麻风病专著，详论了麻风的病因病机、传染途径、临床表现、防治方法及预防措施，与明代沈之问《解围元薮》、薛己《疠疡机要》合称“中医麻风三大专著”。另外，清代积极推广种痘以预防天花，并设置“查痘章京”，对天花患者进行迁移隔离，防止天花流行。
（四）倡导内病外治
外治法方便易行，不伤脾胃。同治三年（1864年），清代吴师机撰成《理瀹骈文》，为外治法专著。其倡导“内外治殊途同归之理”，“外治之理即内治之理，外治之药亦即内治之药”，指出内治与外治所不同者仅是给药方法和途径而已。他以敷膏为主，并以点、搐、熏、擦、熨、烙、掺、敷等佐之，不仅继承古法，又有所创新。如治“伤寒外治于热邪传里”，有黄连水洗胸法、皮硝水拓胸法等；治“有心病神不归舍者……以《准绳》牛心方加减制膏贴之，其外越之神自敛”；治“有心病不寐者……以《千金》龟版方加减制膏贴之，其阴气复即瞑”。在内病外治中，吴师机同样注重辨证论治，强调“先求其本”，从三焦分治。所谓“求本”就是“明阴阳，识脏腑”，以审阴阳、察四时五行、求病机、度病情、辨病形作为外治法必须遵循的原则。在具体辨证时，则以上、中、下三焦分治为提纲，头至胸为上焦，胸至脐为中焦，脐至足为下焦，三者“皆以气为贯，上焦心肺居之，中焦脾胃居之，下焦肝肾、大小肠、膀胱居之”。治上焦之病，以药研细末，口畜鼻取嚏发散，为“第一捷法”；中焦之病，以药切粗末，炒香，布包缚脐上，为“第一捷法”；下焦之病，以药或研或炒，或随证而制，布包坐于身下为“第一捷法”。根据吴氏经验，上用嚏、中用填、下用坐，尤捷于内服。显然，这种“意在补前贤内治之所不及”的方法，确有临床价值，成为内伤杂病治疗的有效补充。